Изведба на четири анализи за засилување на нуклеинска киселина за да се идентификува SARS-COV-2 во Етиопија

Ви благодариме што ја посетивте Nature.com. Вие користите верзија на прелистувачот со ограничена поддршка за CSS. За најдобро искуство, препорачуваме да користите ажуриран прелистувач (или да го оневозможите режимот за компатибилност во Internet Explorer). Покрај тоа, за да обезбедиме постојана поддршка, ја покажуваме страницата без стилови и JavaScript.
Прикажува рингишпил од три слајдови одеднаш. Користете ги претходните и следните копчиња за да се движите низ три слајдови истовремено, или користете ги копчињата за лизгање на крајот за да се движите низ три слајдови истовремено.
Од појава на појава на коронавирусна болест во 2019 година (COVID-19), многу тестови за засилување на комерцијална нуклеинска киселина (НААТ) се развиени низ целиот свет и станаа стандардни испитувања. Иако неколку тестови беа брзо развиени и применети на лабораториски дијагностички тестови, перформансите на овие тестови не се проценети во различни поставувања. Затоа, оваа студија имаше за цел да ги оцени перформансите на Абот Сарс-Ков-2, Даан ген, БГИ и биотехнолошките испитувања на биотехнологијата со користење на композитен референтен стандард (CRS). Студијата беше спроведена во Етиопскиот институт за јавно здравје (ЕФИ) од 1 до 30 декември 2020 година. 164 примероци на назофарингеални примероци беа извлечени со помош на системот за подготовка на примерокот QIAAMP RNA и системот за подготовка на примерокот на ДНК Абот. Од 164 примероци, 59,1% биле позитивни, а 40,9% биле негативни за ЦРС. Позитивноста на биотехнологијата на Sansure беше значително мала во споредба со CRS (P <0,05). Позитивноста на биотехнологијата на Sansure беше значително мала во споредба со CRS (P <0,05). Polojitеlьnые режельтаты Сансура Биотех Были зnашитьн -Ниже Пос -Сравниению С Кр (П <0,05). Позитивните резултати на Sansure Biotech беа значително пониски во споредба со CRS (P <0,05).与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低（ p <0,05 ）。与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低（ p <0,05 ）。 Убена санзура Биотех Было зnашитьнон Меншше полоџитьных режультатов -по -с -скранинию с crs (p <0,05). Sansure Biotech имаше значително помалку позитивни резултати во споредба со CRS (P <0,05).Целокупниот договор на четирите анализи беше 96,3-100% во однос на ЦРС. Покрај ниската стапка на позитивност на анализата на биотехнолошката Sansure, перформансите на четирите испитувања беа скоро споредливи. Како такво, анализата на Sansure Biotech [само истражување (RUO)] бара дополнителна валидација за неговата употреба во Етиопија. Конечно, треба да се земат предвид дополнителни истражувања за проценка на испитувањата со соодветни побарувања на производителот.
Лабораториското тестирање е дел од Стратешкиот план на Светската здравствена организација (СЗО) за коронавирусна болест 2019 (COVID-19) подготвеност и одговор (SPRP). Кој советува дека земјите треба да градат лабораториски капацитет за подобрување на подготвеноста, правилно управување со случаи, будност и брз одговор на предизвиците во јавното здравство. Ова укажува на тоа дека улогата на лабораторијата е клучна за карактеризирање на болеста и епидемиологијата на новите заразни агенси и контролирање на нивното ширење.
Дијагнозата на COVID-19 бара епидемиолошки и медицински информации, лични симптоми/знаци и радиографски и лабораториски податоци2. Бидејќи избувнувањето на Ковид-19 беше пријавено во Вухан, Кина, многу тестови за засилување на комерцијална нуклеинска киселина (НААТ) се развиени низ целиот свет. Реакцијата на синџирот на полимераза на полимераза во реално време во реално време (RRT-PCR) се користи како рутински и стандарден метод за лабораториска дијагноза на тежок акутен респираторен синдром 2 (SARS-COV-2) 3 инфекција. Молекуларното откривање на SARS-COV-2 обично се заснова на генот N (нуклеокапсид протеински ген), E (ген на протеини на пликови) и гени RDRP (РНК зависен од РНК полимераза) во ORF1A/B (отворена рамка за читање 1A/B). Регион на ген) идентификуван од вирусниот геном. Тие се сметаат за главни конзервирани региони кои се наоѓаат во вирусни геноми за препознавање на вируси4. Меѓу овие гени, гените RDRP и E имаат висока чувствителност на аналитичко откривање, додека N генот има ниска аналитичка чувствителност5.
Изведбата на PCR -испитувањата може да варира во зависност од различни фактори како што се: реагенси за екстракција, реагенси за засилување/откривање, метод на екстракција, квалитет на PCR машината и други инструменти. Од април 2020 година, повеќе од 48 различни дијагностички уреди од девет земји добиле овластување за итна употреба (ЕУА) за дијагностика на Ковид-196. Во Етиопија, повеќе од 14 PCR платформи во реално време се користат за откривање на PCR на SARS-COV-2 на 26 јавни здравствени институции, вклучително и ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 и Quant-Studio7. Покрај тоа, достапни се различни комплети за тестирање на PCR, како што се тестот DAAN Gene, тест Абот Сарс-CoV-2, тест за биотехника Sansure и тест SARS-COV-2 BGI. Иако RRT-PCR е многу чувствителен, некои пациенти со COVID-19 пријавуваат лажни негативни резултати заради недоволни копии на вирусна рибонуклеинска киселина (РНК) во примероците заради неправилно собирање, транспорт, складирање и ракување и лабораториско тестирање. Услови и постапки на персоналот8. Покрај тоа, поставувањето на примерокот или контролата, поставувањето на прагот на циклусот (КТ) и вкрстената реактивност со други патогени нуклеински киселини или неактивни/преостанати SARS-COV-2 РНК може да доведе до лажни позитивни резултати во испитувањата RRT-PCR9. Така, јасно е дека тестовите за ПЦР навистина можат да ги идентификуваат носителите на фрагменти од гени, бидејќи тие дури и не можат да направат разлика помеѓу вистински активни вирусни гени, така што тестовите можат да ги идентификуваат само носителите, а не пациентите10. Затоа, важно е да се проценат дијагностичките перформанси користејќи стандардни методи во нашето поставување. Иако многу реагенси на НААТ се достапни на Етиопскиот институт за јавно здравје (ЕФИ) и низ целата земја, сè уште не е пријавена компаративна проценка на нивната ефикасност. Затоа, оваа студија имаше за цел да ги процени компаративните перформанси на комерцијално достапните комплети за откривање на SARS-COV-2 со RRT-PCR користејќи клинички примероци.
Во оваа студија беа вклучени вкупно 164 учесници со осомничени COVID-19. Поголемиот дел од примероците биле од центри за третман (118/164 = 72%), додека преостанатите 46 (28%) учесници биле од центри за не-третман. Меѓу учесниците кои не биле третирани во центарот, 15 (9,1%) имале клинички сомнителни случаи и 31 (18,9%) имале контакти со потврдени случаи. Деведесет и три (56,7%) учесници беа машки, а средната (± SD) возраст на учесниците беше 31,10 (11,82 фунти) години.
Во оваа студија беа утврдени позитивни и негативни стапки на четири тестови за COVID-19. Така, позитивните стапки на анализата на Абот Сарс-Ков-2, анализата DAAN Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI анализа и Sansure Biotech 2019-NCOV анализа беа 59,1%, 58,5%, 57,9% и 55,5%, соодветно. Позитивните и негативните композитни референтни стандарди (CRS) резултати беа 97 (59,1%) и 67 (40,9%), соодветно (Табела 1). Во оваа студија, дефиницијата за ЦРС се засноваше на правилото „секое позитивно“, при што од четири резултати од тестот, два или повеќе резултати од тестот што дадоа ист резултат се сметаа за вистински позитивни или негативни.
Во оваа студија, откривме негативен процент договор (НПА) од 100% (95% CI 94,6-100) за сите анализи во споредба со ЦРС. Анализата на биотехнологијата Sansure покажа минимална PPA од 93,8% (95% CI 87.2-97.1) и анализата DAAN Gene 2019-NCOV имаа вкупна согласност од 99,4% (95% CI 96,6-99,9.9). Спротивно на тоа, целокупната договор помеѓу анализата SARS-COV-2 BGI и анализата на Sansure Biotech 2019-NCOV беше 98,8% и 96,3%, соодветно (Табела 2).
Коефициентот на договор на Копа на Коен помеѓу резултатите од анализата на ЦРС и Абот Сарс-Ков-2 беше целосно конзистентен (К = 1,00). Слично на тоа, вредностите на Kappa на Коен откриени од DAAN Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI и Sansure Biotech 2019-NCOV се исто така целосно во согласност со CRS (K ≥ 0,925). Во оваа компаративна анализа, тестот Chi-Square (McNemar Test) покажа дека резултатите од анализата на Sansure Biotech 2019-NCOV се значително различни од резултатите од CRS (P = 0.031) (Табела 2).
Како што е прикажано на сл.1 Процентот на најниска вредност на КТ (<20 КТ) на анализата на Абот Сарс-Ков-2 (комбиниран ген RDRP и N) беше 87,6%, а ORF1A/B генот CT вредност на вредноста на Sansure Biotech 2019-NCOV покажа дека процентот на ниска вредност на CT (<20 CT) е 50,3% и високата CT вредност (36–40 ct) беше 3.2%) беше 3.2%. 1 Процентот на најниска вредност на КТ (<20 КТ) на анализата на Абот Сарс-Ков-2 (комбиниран ген RDRP и N) беше 87,6%, а ORF1A/B генот CT вредност на вредноста на Sansure Biotech 2019-NCOV покажа дека процентот на ниска вредност на CT (<20 CT) е 50,3% и високата CT вредност (36–40 ct) беше 3.2%) беше 3.2%.Како што е прикажано на сл.1, proцеnt nаименшшего зnачения ct (<20 ct) аналиша Абот сарс-ков-2 (Комбинированнн Гун Рдрпп и на). ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высокое значение Ct (36–40 Ct) аставл подл 3,2%. 1, the percentage of the lowest Ct value (< 20 Ct) analysis of Abbott SARS-CoV-2 (combined gene RdRp and N) was 87.6%, and the Ct value of ORF1a/b gene analysis of Sansure Biotech 2019-nCoV showed that the percentage of low Ct value (< 20 Ct) accounted for 50.3%, and high value Ct (36–40 Ct) accounted for 3,2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct）为87.6%，Sansure Biotech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36–40 Ct) 的百分比为3.2%。 As shown in Figure 1, the lowest Ct value percentage (< 20 Ct) of Abbott SARS-CoV-2 test (combination of RdRp and N gene) is 87.6%, the ORF1a/b gene Ct value of Sansure Biotech 2019-nCoV test shows low Ct值(< 20 Ct) 的 percentage is 50.3%, 高Ct 值(36–40 Ct) 的 percentage is 3,2%. Как Покашано На Рајсунке 1, Анализ Абот Сарс-Ков-2 (Сочеташий Гоны Рдрп и Н) Имел Самое-Ничкое-цоцнонтнтнцноеноее Анухен ( Размере 87,6%, а anанакие Кт Гена Орф1а/Б и Иследовани сувери Биотех 2019- анализ Нков Покашал Ниџикиш КТ. Како што е прикажано на Слика 1, анализата на Абот Сарс-ЦОВ-2 (комбинирајќи ги гените RDRP и N) имаше најниска процентуална вредност на КТ (<20 CT) на 87,6%, додека CT вредноста на генот ORF1A/B во студијата Sansure Biotech 2019 студија-анализата на NCOV покажа низок CT. Процентт зnачений (<20 ct) составил 50,3%, апро -выСоких зnачений КТ (36–40 ct) составил 3,2%. Процентот на вредности (<20 КТ) беше 50,3%, а процентот на високи вредности на КТ (36-40 КТ) беше 3,2%.Тестот Abbott SARS-COV-2 B забележал КТ вредности над 30. Од друга страна, на процентот на BGI SARS-COV-2 ORF1A/B имал процент на висока вредност на CT (> 36 CT) беше 4% (Сл. 1). Од друга страна, на процентот на BGI SARS-COV-2 ORF1A/B имал процент на висока вредност на CT (> 36 CT) беше 4% (Сл. 1). Сргуой стороны, аанализе Бги сарс-ков-2 Гун orf1a/b имел ВыСокоее зnачение Кт (> 36 Ct), апроцент Котрогоргогол. Од друга страна, во анализата на генот BGI SARS-COV-2 ORF1A/B имаше висока вредност на КТ (> 36 CT), чиј процент беше 4% (Сл. 1).另一方面 ， 在 bgi sars-cov-2 检测中 ， orf1a/b 基因具有高 ct 值（> 36 ct ）的百分比为 4%（图 1 ）。 Од друга страна, во откривањето на BGI SARS-COV-2, процентот на ген ORF1A/B со висока вредност на CT (> 36 CT) е 4% (Слика 1). Сргуой стороны, анализе Бги сарс-ков-2 ПРОЕНТ ГОНВОВ ОРФ1А/Б С В СОКИМИ зНАНАчЕНИНКИНКИ КТ (> 36 CT) аставил 4% (лис. 1). Од друга страна, во анализата BGI SARS-COV-2, процентот на гени ORF1A/B со високи вредности на КТ (> 36 CT) беше 4% (Сл. 1).
Во оваа студија зедовме 164 примероци на назофарингеални. За сите видови на испитувања, РНК изолацијата и засилувањето беше извршено со употреба на методите и комплетите препорачани од соодветните производители.
Оваа студија покажа дека тестот на Абот за SARS-COV-2 има исти перформанси за откривање како CRS, со 100% позитивна, негативна и целокупна согласност. Договорот за Капа на Коен е 1,00, што укажува на целосен договор со ЦРС. Слична студија на Универзитетот во Вашингтон во САД откри дека целокупната чувствителност и специфичност на тестот Абот за САРС-Ков-2 е 93% и 100%, соодветно, во споредба со лабораториската утврдена анализа (ЛДА) на ЦДЦ. 11. Системот за откривање на Abbott SARS-COV-2 се заснова на истовремено комбинирано откривање на гените N и RDRP, бидејќи и двата гени се почувствителни, минимизирајќи ги лажните негативи12. Студијата во Виена, Австрија, исто така, покажа дека големите количини на примерок од екстракција и волуменот на откривање на елументите ги минимизираат ефектите на разредување и зголемената ефикасност на откривање13. Така, совршениот натпревар на Абот за анализата SARS-COV-2 може да биде поврзан со систем за откривање на платформата кој истовремено открива комбинаторски гени, извлекува голем број примероци (0,5 ml) и користи голема количина на елуента (40 μL).
Нашите резултати исто така покажаа дека перформансите за откривање на генетскиот тест Даан биле скоро исти како и оние на ЦРС. Ова е во согласност со студијата14 спроведена на универзитетот Анхуи во Хуаин, Кина и побарувањето на производителот за 100% позитивен договор. И покрај извештаите за конзистентни резултати, еден примерок беше лажен негативен по повторна употреба на истиот елиум, но беше позитивен во Аботот САРС-Ков-2 и Sansure Biotech NCOV-2019 испитувања. Ова укажува на тоа дека може да има варијабилност во резултатите кај различни видови на анализи. Како и да е, во студијата спроведена во Кина15, резултатот од анализата на генот DAAN беше значително различен (p <0,05) во споредба со нивната референтна анализа дефинирана во лабораторија. Како и да е, во студијата спроведена во Кина15, резултатот од анализата на генот DAAN беше значително различен (p <0,05) во споредба со нивната референтна анализа дефинирана во лабораторија. ТЕМ на Менмеееееееееееее, а иследовании, Проедонном Вкитае15, режультат аналиша дан ген зnањацитль Отллјлшалс (0,05) llаборатоногого эталоногого аналиша. Сепак, во една студија во Кина15, резултатот од анализата на Даан Ген беше значително различен (p <0,05) од нивната лабораториска референтна анализа.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（ p <0,05然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 ОДНАКО В ИССЛЕДОДОВИСКИТЕ, ПРОВЕДИНГНОМ ВКИТАЕ15, РРЕзУУЛьТАТы ГЕНЕНГА cravnеniю с е gogo эtalonnnыm llAbrothtыm thестом. Сепак, во една студија во Кина15, резултатите од генетскиот тест на Даан беа значително различни (p <0,05) во споредба со неговиот референтен лабораториски тест.Оваа несовпаѓање може да се должи на чувствителноста на референтниот тест за откривање на SARS-COV-2, а понатамошните студии може да бидат важни за да се утврди причината.
Покрај тоа, нашата студија ги оцени компаративните перформанси на анализата SARS-COV-2 BGI со CRS, што покажува одличен договор за позитивен процент (PPA = 97,9%), негативен процент договор (NPA = 100%) и целокупниот процент договор по пол (OPA). ). = 98,8%). Капа вредностите на Коен покажаа добра согласност (К = 0,975). Студиите во Холандија16 и Кина15 покажаа постојани резултати. Тестот SARS-COV-2 BGI е единечен ген (ORF1A/B) тест за откривање со употреба на 10 μL засилување/откривање елиум. И покрај добриот статистички договор со нашите референтни резултати, анализата пропушти два позитивни примероци (1,22%) од вкупниот примерок. Ова може да има огромни клинички импликации за динамиката на преносот и на ниво на пациент и во заедницата.
Друга компаративна анализа вклучена во оваа студија беше анализата на Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO); Целокупниот процент на натпревар беше 96,3%. Јачината на договорот беше утврдена и со вредноста на Копа, која беше 0,925, што укажува на целосна согласност со ЦРС. Повторно, нашите резултати се идентични со студиите спроведени на Централниот јужен универзитет во Чангша, Кина и во одделот за клиничка лабораторија на Народната болница во Лиужоу, градот Лиужу, Кина17. И покрај тоа што е снимена горенаведената добра статистичка согласност, тестот Chi-Square (Macnemar Test) покажа дека резултатот од анализата на Sansure Biotech има статистички значајна разлика во споредба со CRS (P <0.005). И покрај тоа што е снимена горенаведената добра статистичка согласност, тестот Chi-Square (Macnemar Test) покажа дека резултатот од анализата на Sansure Biotech има статистички значајна разлика во споредба со CRS (P <0.005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (Критрий Ммакномара) Покасал, чtо режельтат аналиша суспер на биотех имет Статистисти 0,005). Иако е снимен добриот статистички договор погоре, тестот Чи-квадрат (тест Мекнемар) покажа дека резултатот од анализата на биотехнолошката Sansure Biotech има статистички значајна разлика во споредба со CRS (P <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验（ Macnemar 检验）表明 ， Sansure Biotech 检测的结果与 CRS 相比具有统计学显着差异（ P <0,005 ）。尽管 记录 了 上述 良好 一致性 ， ， 但 检验 （（ macnemar 检验 表明 ， ， sansure biotech 检测 结果 与 crs 相比 具有 显着 （（ p <0.005 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））） Несмотря на отмеменоное Выше хороееее-ататитиешесское асответттвими, Критрий хи-кавада СТАТИСТИЗЕСКИ зНАНАЗИМУю РАНИНИцУ (П <0,005) Мехуд Анализом Сансура Биотех и ЦРС. И покрај добриот статистички договор, забележан погоре, тестот Чи-квадрат (тест Мекнемар) покажа статистички значајна разлика (p <0,005) помеѓу анализата на биотехнолошката Sansure Biotech и CRS.Откриено е дека шест примероци (3,66%) се лажни негативи во споредба со ЦР (Дополнителна табела 1); Ова е многу важно, особено со оглед на динамиката на пренесување на вирусот. Горенаведените податоци исто така ја поддржуваат оваа ниска стапка на откривање15.
Во оваа студија, вредностите на КТ беа утврдени за секоја анализа и соодветната платформа, со најниска средна вредност на КТ пријавена во анализата на Абот Сарс-Ков-2. Овој резултат може да биде поврзан со истовремениот комбиниран систем за генетско тестирање на Абот за откривање на SARS-COV-2. Затоа, според Слика 1, 87,6% од резултатите од Абот Сарс-КОВ-2 имале вредности на КТ под 20. Само мал број на резултати од примерокот (12,4%) биле во опсегот 20-30. Вредностите на КТ над 30 не беа снимени. Покрај употребата на Abbott на формат на генетско тестирање на панелот SARS-COV-2, овој резултат може да биде поврзан со понискиот граница за откривање (32,5 копии на РНК/мл) 18, што е три пати пониско од долната граница на компанијата од 100 копии на РНК/мл. Мл) 19.
Оваа студија има некои ограничувања: прво, немаме стандардни/референтни методи [како што се вирусно оптоварување или други лабораториски тестови (ЛДА)] заради недостаток на ресурси. Второ, сите примероци користени во оваа студија беа назофарингеални брисеви, додека резултатите не беа применливи за други типови примероци, а трето, нашата големина на примерокот беше мала.
Оваа студија ги спореди перформансите на четири испитувања RRT-PCR за SARS-COV-2 со употреба на примероци на назофарингеална. Сите испитувања за откривање имаа скоро споредливи перформанси, со исклучок на анализата на Sansure Biotech. Покрај тоа, ниската стапка на позитивност е идентификувана во анализата на биотехнолошката Sansure во споредба со CRS (P <0,05). Покрај тоа, ниската стапка на позитивност е идентификувана во анализата на биотехнолошката Sansure во споредба со CRS (P <0,05). Кроме Того, ve the the thersure biotech bыl ывvlеn nniзkiй proцеnt polojititerь reзulьtaTototototov rov pravenyю s crs (p <0,05). Покрај тоа, тестот за биотехника Sansure покажа низок процент на позитивни резултати во споредба со CRS (P <0,05).此外 ， 与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0,05)此外 ， 与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0,05) Кроме Того, Анализ Сансура Биотех ИМел Более Ниџикий Уровунь Полошитсльных РрезульТатов на осен -ас -ас -ас -с -сарнањињис Срс (П <0,05). Покрај тоа, анализата на Sansure Biotech имаше пониска стапка на позитивност во споредба со CRS (P <0,05).Анализата на Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) на PPA, NPA и целокупниот договор ги надмина 93,5% со јачина на Cohen Kappa на вредноста на договорот од 0,925. Конечно, анализата на Sansure Biotech (RUO) има потреба од дополнителна валидација за употреба во Етиопија и треба да се земат предвид дополнителни истражувања за проценка на побарувањата од индивидуални производители.
Компаративниот дизајн на студијата беше спроведен во четири здравствени установи во Адис Абаба, болницата Ека Котебе, Центарот за третман на Милениумската црква, Меморијалната болница „Звудтиту“ и специјалистичката болница за туберкулоза „Свети Петар“. Податоците беа собрани помеѓу 1 и 31 декември 2020 година. Медицинските установи за оваа студија беа намерно избрани врз основа на нивниот голем број случаи и достапноста на големи центри за третман во градот. Слично на тоа, инструментите, вклучително и ABI 7500 и Abbott M2000 PCR инструменти во реално време, беа избрани според препораките на производителите на реагенси NAAT, а за оваа студија беа избрани четири комплети за откривање на PCR, бидејќи повеќето лаборатории во Етиопија користеа барем четири од нив. Тест за гени, тест Абот Сарс-Ков-2, тест за биотехника Sansure и тест SARS-COV-2 BGI извршен во текот на студијата).
Тестирањето за SARS-COV-2 беше извршено од 1 до 30 декември 2020 година со употреба на 3 ml медиум за вирусен транспорт (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) од лица под истрага за COVID-19 упатени на EPHI. Назофарингеалните примероци беа собрани од обучени колекционери на примероци и беа испратени до Ефи во тројни пакувања. Пред изолацијата на нуклеинската киселина, на секој примерок му се доделува уникатен број за идентификација. Екстракцијата се изведува од секој примерок веднаш по пристигнувањето со употреба на рачни и автоматски методи за екстракција. Така, за автоматска екстракција на Абот М2000, 1,3 мл (вклучувајќи 0,8 мл мртов волумен и 0,5 мл волумен на влезот на екстракција) на примерокот беше извлечена од секој примерок и помина низ системот за подготовка на примерокот на ДНК Абот (Абот Молекуларен АД ДЕС ПЛИНЕС, ИЛ, САД). ) Серија од 96 [92 примероци, две контроли за откривање и две контроли на не-рамки (NTC)] беше вклучена во целокупниот процес (пребарување и откривање) на две рунди на SARS-COV-2 (EUA) во реално време. рударство. Слично на тоа, за рачно извлекување, користете ги истите примероци (за автоматско извлекување и откривање). Така, во текот на целиот процес, примероците од 140 мл беа разоткриени и извлечени со употреба на мини комплет за вирусна РНК (Qiagen GmbH, Hilden, Germany) во серии од 24 (вклучувајќи 20 примероци, две контроли на испитување и две NTC) во текот на девет рунди. Рачно извлечените елаити беа засилени и откриени со употреба на термички циклер ABI 7500 со употреба на SARS-COV-2 BGI анализа, анализа на генот DAAN и анализа на биотехнолошката Sansure.
Автоматизирана изолација и прочистување на SARS-COV-2 вирусна РНК го следи принципот на магнетна мушка со помош на реагенсите за подготовка на примерокот Абот ДНК. Инактивацијата на примероците и растворливоста на вирусните честички се врши со употреба на детергент што содржи гванидин изотиоцијанат за да се демантира протеинот и инактивираната РНС. РНК потоа се одвојува од протеинот со раздвојување на цврста фаза со употреба на силика, т.е. гванидиниумска сол и алкална pH на лизискиот тампон промовираат врзување на нуклеинските киселини со силика (SiO2). Чекорот за плакнење ги отстранува преостанатите протеини и остатоци за да се добие јасен раствор. Транспарентната РНК е изолирана од микрочестички базирани на силика, користејќи го магнетното поле на инструментот20,21. Од друга страна, рачната изолација и прочистувањето на РНК се врши со методот на колона Спин со употреба на центрифугирање наместо магнетна штанд и одвојување на микрочестички од елуентот.
Тестот за откривање на SARS-COV-2 во реално време Abbott (Абот Молекуларен, АД) беше извршен според упатствата на производителот, кој доби ЕУА19,22 од СЗО и ФДА. Во овој протокол, инактивацијата на примерокот пред екстракција беше извршена во водена бања на 56 ° C за 30 мин. После инактивацијата на вирусот, екстракција на нуклеинска киселина беше извршена на инструментот Абот М2000 СП од 0,5 ml VTM со помош на систем за подготовка на примерокот Абот М2000 ДНК. Според производителот. Засилување и откривање беа извршени со употреба на инструмент Abbott M2000 RT-PCR, а двојно откривање беше извршено за гените RDRP и N. Rox) и VIC P (комерцијална боја) за таргетирање и откривање на внатрешни контроли, овозможувајќи истовремено откривање на двата производи за засилување 19.
Методот за откривање на засилување на овој комплет се заснова на едностепена технологија RT-PCR. Гените ORF1A/B и N беа избрани како конзервирани региони од страна на DAAN Gene Technology за откривање на засилување на целниот регион. Специфични буквари и флуоресцентни сонди (N гени сонди обележани со FAM, ORF1A/B сонди обележани со VIC) се дизајнирани за откривање на SARS-COV-2 RNA во примероците. Конечните елуентни и мастер мешавини беа подготвени со додавање на 5 мл елуент на 20 мл мастер мешавина до конечен волумен од 25 мл. Засилувањето и откривањето беа извршени истовремено на PCR инструментот ABI 750024 во реално време.
Гените ORF1A/B и N беа откриени со употреба на комплет за дијагностички киселини на Sansure Biotech NCOV-2019 (флуоресцентно откривање на PCR). Подгответе специфични сонди за секој целен ген со избирање на FAM каналот за регионот ORF1A/B и каналот Rox за генот N. На овој комплет за анализа, реагенсите на елаента и мастер микс се додаваат на следниов начин: Подгответе реагенс од 30 мл мастер микс и 20 мл елутиран примерок за откривање/засилување. PCR ABI 750025 во реално време се користеше за засилување/откривање.
Тестот SARS-COV-2 BGI е флуоресцентен комплет RRT-PCR во реално време за дијагностицирање на COVID-19. Целниот регион се наоѓа во регионот ORF1A/B на геномот SARS-COV-2, што е метод за откривање на гени. Покрај тоа, човечкиот ген за домаќинство β-актин е внатрешно регулиран цел ген. Мастер -мешавината се подготвува со мешање на 20 мл реагенс на мастер мешавина и 10 мл од извлечениот примерок на РНК во плоча за бунари26. Засилување и откривање се користеше флуоресцентен квантитативен квантитативен квантитативен квантитативен PCR во реално време. Сите засилување на нуклеинската киселина, услови за извршување на PCR за секоја анализа и толкување на резултатите беа извршени според упатствата на соодветниот производител (Табела 3).
Во оваа компаративна анализа, не го искористивме методот на референтен стандард за да утврдиме процент на договор (позитивни, негативни и целокупни) и други параметри за споредување за четирите анализи. Секоја тест споредба беше направена со ЦРС, во оваа студија ЦРС беше поставена со правилото „какво било позитивно“ и резултатот беше утврден, а не со еден тест, користевме најмалку два резултати од тестот. Покрај тоа, во случај на пренос на COVID-19, лажните негативни резултати се поопасни од лажните позитивни резултати. Затоа, да се каже „позитивно“ што е можно попрецизно од резултатот на ЦРС, најмалку два тестови за испитување мора да бидат позитивни, што значи дека барем еден позитивен резултат веројатно ќе дојде од анализа на ЕУА. Така, од четири резултати од тестот, два или повеќе резултати од тестот кои даваат ист резултат се сметаат за вистински позитивни или негативни18,27.
Податоците беа собрани со употреба на структурирани формулари за екстракција на податоци, внесување на податоци и анализа беа извршени со употреба на Excel статистички софтвер и верзија на СПСС 23.0 за описна статистика. Беа анализирани позитивни, негативни и целокупни процентни договори, а резултатот на Капа беше искористен за да се утврди степенот на договор на секој метод со ЦРС. Капа вредностите се толкуваат на следниов начин: 0,01 до 0,20 за благ договор, 0,21 до 0,40 за општ договор, 0,41-0,60 за умерен договор, 0,61-0,80 за голем договор и 0,81-0,99 за целосен договор28.
Етичкото расчистување е добиено од Универзитетот Адис Абаба и сите експериментални протоколи за оваа студија беа одобрени од Одборот за преглед на научна етика на Етиопија за јавно здравје. Референтниот број за лиценцата за етика EPHI е EPHI/IRB-279-2020. Сите методи беа применети во согласност со препораките и одредбите на етиопските национални сеопфатни упатства за третман на COVID-19. Покрај тоа, писмена информирана согласност е добиена од сите учесници во студијата пред учеството во студијата.
Сите податоци добиени или анализирани во оваа студија се вклучени во оваа објавена статија. Податоците што ги поддржуваат резултатите од оваа студија се достапни од соодветниот автор по разумно барање.
Светска здравствена организација. Препораки за стратегии за лабораториско тестирање за COVID-19: Привремено водство, 21 март 2020 година Бр. Кој/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (СЗО, 2020).
Мулиу, ДС, Пантазопулос, И. Мулиу, ДС, Пантазопулос, И.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. and Gurgulianis, Ki Intelligent Diagnosis of Covid-19 во одделот за итни случаи: сè во пракса.Muliou DS, Pantazopoulos I. and Gurgulyanis KI Интелигентна дијагноза на COVID-19 во одделенијата за итни случаи: интеграција од крај до крај во пракса. Експертски преовладувачки рес. лек. 3, 263–272 (2022).
Мичел, СЛ & Св. Мичел, СЛ & Св.Мичел, СЛ и Св.Мичел Сл и Свети Georgeорџ К. Евалуација на ID COVID19 ID Сега анализа на ЕУА. J. Клинички. Вирус. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
СЗО. Лабораториско откривање на коронавирусна болест 2019 (COVID-19) кај сомнителни човечки заболувања. https:
Удугама, Б. и др. Дијагноза на COVID-19: Болести и алатки за тестирање. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Сид С. и др. Основање на Колеџот за патолози на Источна, Централна и Јужна Африка - Регионално училиште за патологија на Блискиот исток и Јужна Африка. Африка. J. Lab. лек. 9 (1), 1-8 (2020).
Етиопски институт за јавно здравје, Федерално Министерство за здравство. Привремена национална стратегија и насоки за лабораториска дијагноза на COVID-19. https:
Волошин, С., Пател, Н. Волошин, С., Пател, Н.Voloshin S., Patel N. and Kesselheim како лажно-негативни тестови за инфекции SARS-COV-2 и нивните последици.Voloshin S., Patel N. and Kesselheim како лажно-негативни тестови за провокација и влијанието на инфекцијата SARS-COV-2. N. Eng. J. Медицина. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI False-позитивни и лажно-негативни случаи на COVID-19: Стратегии за превенција и управување со респираторна состојба, вакцинација и понатамошни перспективи. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI False-позитивни и лажно-негативни случаи на COVID-19: Стратегии за превенција и управување со респираторна состојба, вакцинација и понатамошни перспективи. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии лечения, Вакџинашия идальнниесие Ппеспекив. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI лажни позитивни и лажни негативни случаи на COVID-19: Стратегии за превенција и третман на респираторна состојба, вакцинација и патот напред.Мулиу, ДС и Гургулијанис, КИ лажно-позитивни и лажно-негативни случаи на COVID-19: Стратегии за превенција и третман на респираторна респиратор, вакцинација и патот напред. Експертски преовладувачки рес. лек. 15 (8), 993–1002 (2021).
Мулиу, ДС, Ионис, П. Мулиу, ДС, Ионис, П.Мулиу, ДС, Ионис, П. и Константинос, Г. Ковид-19 дијагноза во одделот за итни случаи: видете го дрвото, изгуби ја шумата.Muliou DS, Ioannis P., and Konstantinos G. Covid-19 дијагноза во простории за итни случаи: Не е доволно шума за дрвјата. Се појавуваат. лек. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Валидација и валидација на аналитичката и клиничката изведба на анализата на Abbott Realtime SARS-COV-2. J. Клинички. Вирус. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Nyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Споредба пет сетови на буквар од различен геномски регион на Covid-19 за откривање на инфекција со вируси со конвенционална RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Nyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Споредба на пет групи на буквар од различни региони на геноми на Covid-19 за откривање на инфекција со вируси со конвенционална РТ-ПЦР.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Noniestanaki, D., Fazlalipour, M. and Aflatunyan, B. Споредба на пет групи на буквари од различни региони на геномот COVID-19 за откривање на вирусна инфекција со конвенционална РТ-ПЦР. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Noniestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Nyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Споредба на 5 различни генетски региони на COVID-19 за откривање на вирусна инфекција со конвенционална RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Nyestanaki D, Fazlalipour M. and Aflatunyan B. Споредба на пет групи на буквари од различни региони на геномот COVID-19 за откривање на вирусна инфекција со конвенционална РТ-ПЦР.Иран. Ј. Микробиологија. 12 (3), 185 (2020).
Гоерцер, И. и др. Прелиминарни резултати од Националната програма за проценка на надворешниот квалитет за откривање на секвенци на геноми SARS-COV-2. J. Клинички. Вирус. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Ванг, М. и др. Аналитичка проценка на ефикасноста на пет комплети RT-PCR за тежок акутен респираторен синдром коронавирус 2. J. Clinical. лабораторија. анус. 35 (1), E23643 (2021).
Ванг Б. и др. Евалуација на седум комерцијално достапни комплети за откривање на РНК на SARS-COV-2 во Кина, врз основа на реакција на ланец на полимераза во реално време (PCR). Клинички. Хемиски. лабораторија. лек. 58 (9), E149 -E153 (2020).
Ван Кастерен, ПБ и др. Споредба на седум комерцијални комплети за дијагностицирање на RT-PCR-19. J. Клинички. Вирус. 128, 104412 (2020).
Лу, Ју, и др. Споредба на дијагностичка изведба на два комплети PCR за откривање на нуклеински киселини SARS-COV-2. J. Клинички. лабораторија. анус. 34 (10), E23554 (2020).
Лефарт, ПР, итн. Компаративна студија на четири платформи за засилување на засилување на нуклеинска киселина SARS-COV-2 (NAAT) за засилување на киселина покажа дека ID сега перформансите се значително деградирани во зависност од типот на пациентот и примерокот. Дијагноза. Микробиологија. Зарази. Дис. 99 (1), 115200 (2021).
Молекула на Абот. Вметнување на пакет за анализа на SARS-COV-2 во реално време Abbott. https: 1-12. (Од 10 август 2020 година) (2020).
Клајн, С. и др. SARS-COV-2 RNA изолација со употреба на магнетни мониста за брзо откривање на големи размери со RT-QPCR и RT-LAMP. Вирус 12 (8), 863 (2020).