Изведба на четири тестови за амплификација на нуклеински киселини за идентификација на SARS-CoV-2 во Етиопија

Ви благодариме што ја посетивте Nature.com. Користите верзија на прелистувач со ограничена CSS поддршка. За најдобро искуство, препорачуваме да користите ажуриран прелистувач (или да го оневозможите режимот на компатибилност во Internet Explorer). Дополнително, за да обезбедиме континуирана поддршка, ја прикажуваме страницата без стилови и JavaScript.
Прикажува вртелешка од три слајдови одеднаш. Користете ги копчињата „Претходно“ и „Следно“ за да се движите низ три слајдови одеднаш или користете ги лизгачките копчиња на крајот за да се движите низ три слајдови одеднаш.
Од појавата на коронавирусната болест (COVID-19) во 2019 година, низ целиот свет се развиени многу комерцијални тестови за амплификација на нуклеински киселини (NAAT) кои станаа стандардни тестови. Иако неколку тестови беа брзо развиени и применети во лабораториски дијагностички тестови, перформансите на овие тестови не се оценети во различни услови. Затоа, оваа студија имаше за цел да ги оцени перформансите на тестовите Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI и Sansure Biotech со користење на Композитниот референтен стандард (CRS). Студијата беше спроведена во Етиопскиот институт за јавно здравје (EPHI) од 1 до 30 декември 2020 година. 164 назофарингеални примероци беа извадени со користење на мини комплетот QIAamp RNA и системот за подготовка на примероци од ДНК Abbott. Од 164 примероци, 59,1% беа позитивни, а 40,9% беа негативни за CRS. Позитивноста на Sansure Biotech беше значително ниска во споредба со CRS (p < 0,05). Позитивноста на Sansure Biotech беше значително ниска во споредба со CRS (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению со CRS (p < 0,05). Позитивните резултати на Sansure Biotech беа значително пониски во споредба со CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p <0,05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p <0,05）. Во Sansure Biotech было значително помалку положильных результатов по сравнению со CRS (p < 0,05). Sansure Biotech имаше значително помалку позитивни резултати во споредба со CRS (p < 0,05).Целокупната согласност на четирите анализи беше 96,3–100% во споредба со CRS. Покрај ниската стапка на позитивност на тестот Sansure Biotech, перформансите на четирите тестови беа речиси споредливи. Како таков, тестот Sansure Biotech [Само за истражување (RUO)] бара дополнителна валидација за неговата употреба во Етиопија. Конечно, треба да се разгледаат дополнителни истражувања за да се евалуираат тестовите со соодветни тврдења на производителот.
Лабораториското тестирање е дел од Стратешкиот план на Светската здравствена организација (СЗО) за подготвеност и одговор (SPRP) за коронавирусна болест 2019 (COVID-19). СЗО советува дека земјите треба да изградат лабораториски капацитети за да ја подобрат подготвеноста, правилното управување со случаи, будноста и брзиот одговор на предизвиците во јавното здравје. Ова укажува дека улогата на лабораторијата е клучна за карактеризирање на болеста и епидемиологијата на новите заразни агенси и контрола на нивното ширење.
Дијагнозата на COVID-19 бара епидемиолошки и медицински информации, лични симптоми/знаци и радиографски и лабораториски податоци2. Откако епидемијата на COVID-19 беше пријавена во Вухан, Кина, низ целиот свет се развиени многу комерцијални тестови за амплификација на нуклеински киселини (NAAT). Реакцијата со полимеразна верижна реакција во реално време (rRT-PCR) се користи како рутински и стандарден метод за лабораториска дијагноза на инфекција со тежок акутен респираторен синдром 2 (SARS-CoV-2)3. Молекуларното откривање на SARS-CoV-2 обично се базира на гените N (ген за нуклеокапсиден протеин), E (ген за протеин од обвивка) и RdRp (ген за РНК-зависен РНК полимераза) во регионот ORF1a/b (ген отворена рамка за читање 1a/b). идентификуван од вирусниот геном. Тие се сметаат за главни конзервирани региони пронајдени во вирусните геноми за препознавање на вирусот4. Меѓу овие гени, гените RdRp и E имаат висока аналитичка чувствителност на откривање, додека генот N има ниска аналитичка чувствителност5.
Перформансите на PCR тестовите може да варираат во зависност од различни фактори како што се: реагенси за екстракција, реагенси за амплификација/детекција, метод на екстракција, квалитет на PCR машината и други инструменти. Од април 2020 година, повеќе од 48 различни дијагностички уреди од девет земји добија Овластување за итна употреба (EUA) за дијагностика на COVID-196. Во Етиопија, повеќе од 14 PCR платформи во реално време се користат за PCR откривање на SARS-CoV-2 во 26 јавни здравствени установи, вклучувајќи ги ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 и Quant-studio7. Покрај тоа, достапни се различни PCR тест комплети, како што се Daan Gene тест, Abbott SARS-CoV-2 тест, Sansure Biotech тест и SARS-CoV-2 BGI тест. Иако rRT-PCR е многу чувствителен, некои пациенти со COVID-19 пријавуваат лажно негативни резултати поради недоволно копии на вирусна рибонуклеинска киселина (РНК) во примероците поради неправилно собирање, транспорт, складирање и ракување, како и лабораториско тестирање. услови и дејствија на персоналот8. Покрај тоа, погрешното ракување со примерокот или контролата, поставувањето на прагот на циклусот (Ct) и вкрстената реактивност со други патогени нуклеински киселини или неактивна/резидуална RNA на SARS-CoV-2 може да доведат до лажно позитивни резултати во rRT-PCR9 тестовите. Така, јасно е дека PCR тестовите навистина можат да идентификуваат носители на генски фрагменти, бидејќи тие дури не можат да разликуваат помеѓу навистина активни вирусни гени, па затоа тестовите можат да идентификуваат само носители, а не и пациенти10. Затоа, важно е да се процени дијагностичката ефикасност со користење на стандардни методи во нашата средина. Иако многу NAAT реагенси се достапни во Етиопскиот институт за јавно здравје (EPHI) и низ целата земја, сè уште не е објавена компаративна евалуација на нивната ефикасност. Затоа, оваа студија имаше за цел да ги оцени компаративните перформанси на комерцијално достапните комплети за откривање на SARS-CoV-2 со rRT-PCR со користење на клинички примероци.
Во оваа студија беа вклучени вкупно 164 учесници со сомнение за COVID-19. Поголемиот дел од примероците беа од центри за лекување (118/164 = 72%), додека преостанатите 46 (28%) учесници беа од центри кои не се лекуваа. Меѓу учесниците кои не беа лекувани во центарот, 15 (9,1%) имаа клинички сомнителни случаи, а 31 (18,9%) имаа контакти со потврдени случаи. Деведесет и три (56,7%) учесници беа мажи, а просечната (± SD) возраст на учесниците беше 31,10 (± 11,82) години.
Во оваа студија, беа утврдени позитивните и негативните стапки на четири тестови за COVID-19. Така, позитивните стапки на тестот Abbott SARS-CoV-2, тестот Daan Gene 2019-nCoV, тестот SARS-CoV-2 BGI и тестот Sansure Biotech 2019-nCoV беа 59,1%, 58,5%, 57,9% и 55,5%, соодветно. Позитивните и негативните резултати од композитен референтен стандард (CRS) беа 97 (59,1%) и 67 (40,9%), соодветно (Табела 1). Во оваа студија, дефиницијата на CRS се базираше на правилото „било кој позитивен“, при што од четири резултати од тестот, два или повеќе резултати од тестот што дадоа ист резултат се сметаа за вистински позитивни или негативни.
Во оваа студија, откривме негативна процентна согласност (NPA) од 100% (95% CI 94,6–100) за сите анализи во споредба со CRS. Анализата на Sansure Biotechnology покажа минимална PPA од 93,8% (95% CI 87,2-97,1), а анализата на Daan Gene 2019-nCoV имаше вкупна согласност од 99,4% (95% CI 96,6-99,9). Спротивно на тоа, вкупната согласност помеѓу анализата на SARS-CoV-2 BGI и анализата на Sansure Biotech 2019-nCoV беше 98,8% и 96,3%, соодветно (Табела 2).
Коефициентот на согласност на Коеновата капа помеѓу резултатите од анализата на CRS и Abbott SARS-CoV-2 беше целосно конзистентен (K = 1,00). Слично на тоа, вредностите на Коеновата капа откриени од Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI и Sansure Biotech 2019-nCoV се исто така целосно конзистентни со CRS (K ≥ 0,925). Во оваа компаративна анализа, тестот на хи-квадрат (тест на МекНемар) покажа дека резултатите од анализата на Sansure Biotech 2019-nCoV беа значително различни од резултатите од CRS (p = 0,031) (Табела 2).
Како што е прикажано на сл.1 процентот на најниска Ct вредност (< 20 Ct) од тестот Abbott SARS-CoV-2 (комбиниран RdRp и N ген) беше 87,6%, а Ct вредноста на генот ORF1a/b од тестот Sansure Biotech 2019-nCoV покажа дека процентот на ниска Ct вредност (< 20 Ct) беше 50,3%, а високата Ct вредност (36–40 Ct) беше 3,2%. 1 процентот на најниска Ct вредност (< 20 Ct) од тестот Abbott SARS-CoV-2 (комбиниран RdRp и N ген) беше 87,6%, а Ct вредноста на генот ORF1a/b од тестот Sansure Biotech 2019-nCoV покажа дека процентот на ниска Ct вредност (< 20 Ct) беше 50,3%, а високата Ct вредност (36–40 Ct) беше 3,2%.Како што е прикажано на сл.1, процент наименьшего значење Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) сочинува 87,6%, а значење Ct е ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV (2019-nCoV) Ct) составил 50,3%, а высокое значение Ct (36–40 Ct) сочинува 3,2%. 1, процентот на анализата на најниската Ct вредност (< 20 Ct) на Abbott SARS-CoV-2 (комбиниран ген RdRp и N) беше 87,6%, а Ct вредноста на анализата на генот ORF1a/b на Sansure Biotech 2019-nCoV покажа дека процентот на ниска Ct вредност (< 20 Ct) изнесуваше 50,3%, а високата Ct вредност (36–40 Ct) изнесуваше 3,2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 6%otecht. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值Ct (3)的百分比为3,2%. Како што е прикажано на Слика 1, најнискиот процент на Ct вредност (< 20 Ct) на тестот Abbott SARS-CoV-2 (комбинација од RdRp и N ген) е 87,6%, Ct вредноста на генот ORF1a/b на тестот Sansure Biotech 2019-nCoV покажува низок процент на Ct (< 20 Ct) е 50,3%, а процентот на Ct (36–40 Ct) е 3,2%. Како показано на рисунке 1, анализира Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гени RdRp и N) имел само пониско процентно значење Ct (< 20 Ct) во размер 87,6%, а значење Ct гена ORF1a/b Анани ана10 исле nCoV показал низкий Ct. Како што е прикажано на Слика 1, анализата на Abbott SARS-CoV-2 (која ги комбинира гените RdRp и N) имаше најниска процентна Ct вредност (< 20 Ct) од 87,6%, додека Ct вредноста на генот ORF1a/b во студијата Sansure Biotech 2019 - Анализата на nCoV покажа низок Ct. Процентот значений (< 20 Ct) сочинувал 50,3%, а процентот высоких значений Ct (36–40 Ct) сочинувал 3,2%. Процентот на вредности (< 20 Ct) беше 50,3%, а процентот на високи Ct вредности (36–40 Ct) беше 3,2%.Тестот за SARS-CoV-2 B на Abbott забележа Ct вредности над 30. Од друга страна, на BGI SARS-CoV-2 тестот, генот ORF1a/b имаше висока Ct вредност (> 36 Ct), при што процентот беше 4% (сл. 1). Од друга страна, на BGI SARS-CoV-2 тестот, генот ORF1a/b имаше висока Ct вредност (> 36 Ct), при што процентот беше 4% (сл. 1). Во другото стороны, во анализата на BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значење Ct (> 36 Ct), процент которого составен 4% (рис. 1). Од друга страна, во анализата на BGI SARS-CoV-2, генот ORF1a/b имаше висока Ct вредност (> 36 Ct), чиј процент беше 4% (сл. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比中 Од друга страна, при откривање на BGI SARS-CoV-2, процентот на генот ORF1a/b со висока Ct вредност (>36 Ct) е 4% (Слика 1). Во другото стороны, во анализата на BGI SARS-CoV-2 процентот на ORF1a/b со высокими значајни Ct (>36 Ct) сочинува 4% (рис. 1). Од друга страна, во анализата на BGI SARS-CoV-2, процентот на ORF1a/b гени со високи Ct вредности (>36 Ct) беше 4% (сл. 1).
Во оваа студија, зедовме 164 назофарингеални примероци. За сите видови анализи, изолацијата и амплификацијата на РНК беа извршени со користење на методите и комплетите препорачани од соодветните производители.
Оваа студија покажа дека тестот на Abbott за SARS-CoV-2 има исти перформанси на детекција како и CRS, со 100% позитивни, негативни и целокупна согласност. Коеновата капа согласност е 1,00, што укажува на целосна согласност со CRS. Слична студија спроведена од Универзитетот во Вашингтон во САД покажа дека целокупната чувствителност и специфичност на тестот Abbott за SARS-CoV-2 била 93% и 100%, соодветно, во споредба со лабораториски определениот тест (LDA) на CDC. 11. Системот за детекција на Abbott SARS-CoV-2 се базира на истовремено комбинирано откривање на гените N и RdRp, бидејќи двата гена се почувствителни, минимизирајќи ги лажно негативните резултати12. Студија во Виена, Австрија, исто така, покажа дека големите волумени на примероци за екстракција и волумените на елуент за детекција ги минимизираат ефектите на разредување и ја зголемуваат ефикасноста на детекција13. Така, совршеното решение на Abbott за анализата на SARS-CoV-2 може да се поврзе со систем за детекција на платформа кој истовремено детектира комбинаторни гени, екстрахира голем број примероци (0,5 ml) и користи голема количина на елуент (40 µl).
Нашите резултати, исто така, покажаа дека перформансите на детекција на генетскиот тест Daan беа речиси исти како и оние на CRS. Ова е во согласност со студија14 спроведена на Универзитетот Анхуи во Хуаинан, Кина, и тврдењето на производителот за 100% позитивно совпаѓање. И покрај извештаите за конзистентни резултати, еден примерок беше лажно негативен по повторното тестирање на истиот елуат, но беше позитивен во тестовите Abbott SARS-CoV-2 и Sansure Biotech nCoV-2019. Ова укажува дека може да има варијабилност во резултатите кај различни типови тестови. Сепак, во студијата спроведена во Кина15, резултатот од анализата на генот Daan беше значително различен (p < 0,05) во споредба со нивниот лабораториски дефиниран референтен тест. Сепак, во студијата спроведена во Кина15, резултатот од анализата на генот Daan беше значително различен (p < 0,05) во споредба со нивниот лабораториски дефиниран референтен тест. Тем не мие, во исследовании, проучени во Китае15, резултат на анализа Даан Гене значительно отличался (p < 0,05) од их лабораторно еталонного анализа. Сепак, во една студија во Кина15, резултатот од анализата на Daan Gene беше значително различен (p < 0,05) од нивната лабораториска референтна анализа.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако во исследовании, проучен во Китае15, резултат на генетски тест Даан значительно отличались (p < 0,05) по сравнению со его эталонным лабораторным тестом. Сепак, во една студија во Кина15, резултатите од генетскиот тест на Даан беа значително различни (p < 0,05) во споредба со неговиот референтен лабораториски тест.Ова несовпаѓање може да се должи на чувствителноста на референтниот тест за откривање на SARS-CoV-2, а понатамошните студии може да бидат важни за да се утврди причината.
Дополнително, нашата студија ги оцени компаративните перформанси на тестот за SARS-CoV-2 BGI со CRS, покажувајќи одлична процентна согласност со позитивниот процент (PPA = 97,9%), процентната согласност со негативниот процент (NPA = 100%) и вкупната процентна согласност по пол (OPA). = 98,8%). Вредностите на Коен Капа покажаа добра согласност (K = 0,975). Студиите во Холандија16 и Кина15 покажаа конзистентни резултати. Тестот за SARS-CoV-2 BGI е тест за детекција на еден ген (ORF1a/b) со употреба на 10 µl елуат за амплификација/детекција. И покрај добрата статистичка согласност со нашите референтни резултати, анализата пропушти два позитивни примероци (1,22%) од вкупниот примерок. Ова може да има огромни клинички импликации за динамиката на пренос и на ниво на пациент и на ниво на заедница.
Друга компаративна анализа вклучена во оваа студија беше тестот Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); вкупниот процент на совпаѓање беше 96,3%. Јачината на совпаѓањето беше определена и од вредноста на Коен Капа, која беше 0,925, што укажува на целосно совпаѓање со CRS. Повторно, нашите резултати се идентични со студиите спроведени на Централниот јужен универзитет во Чангша, Кина, и на Клиничкото лабораториско одделение на Народната болница Лиуџоу, градот Лиуџоу, Кина17. Иако беше забележана добра статистичка конкорданција погоре, хи-квадрат тестот (MacNemar тест) покажа дека резултатот од тестот Sansure Biotech има статистички значајна разлика во споредба со CRS (p < 0,005). Иако беше забележана добра статистичка конкорданција погоре, хи-квадрат тестот (MacNemar тест) покажа дека резултатот од тестот Sansure Biotech има статистички значајна разлика во споредба со CRS (p < 0,005). Несмотря на то, што было зафиксировано указное повеќе хорошее статистичко соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Манемара) показал, што резултира со анализа Sansure Biotech имеет статистически помое различи (Критерий Манемара). Иако беше забележана добра статистичка согласност погоре, хи-квадрат тестот (McNemar тест) покажа дека резултатот од тестот Sansure Biotech имаше статистички значајна разлика во споредба со CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure 朞CR相比具有统计学显着差异（p <0,005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 (（结果 与 crs 相比 具有 显着 （（p <0,005…………………………………. Несмотря на отмеченное повеќе хорошее статистичко соответствие, критериум хи-квадрат (критерий Манемара) показал статистички значимую разновидност (p < 0,005) меѓу анализом Sansure Biotech и CRS. И покрај добрата статистичка согласност забележана погоре, хи-квадрат тестот (McNemar тест) покажа статистички значајна разлика (p < 0,005) помеѓу тестот Sansure Biotech и CRS.Шест примероци (3,66%) беа лажно негативни во споредба со CRS (Дополнителна табела 1); ова е многу важно, особено со оглед на динамиката на пренос на вирусот. Горенаведените податоци, исто така, ја поддржуваат оваа ниска стапка на откривање15.
Во оваа студија, вредностите на Ct беа одредени за секој тест и соодветна платформа, при што најниската средна вредност на Ct беше пријавена во тестот на Abbott SARS-CoV-2. Овој резултат може да биде поврзан со системот за истовремено комбинирано генетско тестирање на Abbott за откривање на SARS-CoV-2. Затоа, според Слика 1, 87,6% од резултатите на Abbott SARS-CoV-2 имаа Ct вредности под 20. Само мал број резултати од примероците (12,4%) беа во опсегот 20-30. Вредностите на Ct над 30 не беа евидентирани. Покрај употребата на форматот за панелно генетско тестирање на SARS-CoV-2 од страна на Abbott, овој резултат може да биде поврзан со долната граница на детекција (32,5 RNA копии/mL)18, што е три пати пониско од долната граница на компанијата од 100 RNA копии/mL (ml)19.
Оваа студија има некои ограничувања: прво, немаме стандардни/референтни методи [како што се вирусно оптоварување или други лабораториски тестови (LDA)] поради недостаток на ресурси. Второ, сите примероци што се користеа во оваа студија беа назофарингеални брисеви, додека резултатите не беа применливи за други типови примероци, и трето, големината на нашиот примерок беше мала.
Оваа студија ги спореди перформансите на четири rRT-PCR тестови за SARS-CoV-2 користејќи назофарингеални примероци. Сите тестови за детекција имаа речиси споредливи перформанси, со исклучок на тестот Sansure Biotech. Освен тоа, ниската стапка на позитивност беше идентификувана во тестот Sansure Biotech во споредба со CRS (p < 0,05). Освен тоа, ниската стапка на позитивност беше идентификувана во тестот Sansure Biotech во споредба со CRS (p < 0,05). Кроме тоа, во тестот Sansure Biotech был выявлен низкий процент положильных результатов по сравнению со CRS (p <0,05). Дополнително, тестот на Sansure Biotech покажа низок процент на позитивни резултати во споредба со CRS (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0,05). Кроме того, анализира Sansure Biotech имел повеќе низкий уровень положительных результатов по сравнению со CRS (p <0,05). Дополнително, тестот Sansure Biotech имаше пониска стапка на позитивност во споредба со CRS (p < 0,05).Анализата на Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) за PPA, NPA и целокупната согласност надмина 93,5% со вредност на Коен Капа јачина на согласност од 0,925. Конечно, на тестот Sansure Biotech (RUO) му е потребна дополнителна валидација за употреба во Етиопија, а треба да се разгледаат и дополнителни истражувања за да се проценат тврдењата од поединечни производители.
Дизајнот на компаративната студија беше спроведен во четири здравствени установи во Адис Абеба, болницата „Ека Котебе“, Центарот за третман на црквата „Милениум“, Меморијалната болница „Зевудиту“ и Специјалистичката болница за туберкулоза „Свети Петар“. Податоците беа собрани помеѓу 1 и 31 декември 2020 година. Медицинските установи за оваа студија беа намерно избрани врз основа на нивниот голем број случаи и достапноста на главните центри за третман во градот. Слично на тоа, инструментите, вклучувајќи ги инструментите за PCR во реално време ABI 7500 и Abbott m2000, беа избрани според препораките на производителите на NAAT реагенси, а за оваа студија беа избрани четири комплети за PCR детекција, бидејќи повеќето лаборатории во Етиопија користеа најмалку четири од нив. Генски тест, тест за SARS-CoV-2 од Abbott, тест за Sansure Biotech и BGI тест за SARS-CoV-2 извршени за време на студијата).
Тестирањето за SARS-CoV-2 беше извршено од 1 до 30 декември 2020 година со користење на 3 ml медиум за вирусен транспорт (VTM) (Miraclean Technology, Шенжен, Кина) од лица под истрага за COVID-19 упатени во EPHI. Назофарингеалните примероци беа собрани од обучени собирачи на примероци и испратени во EPHI во тројни пакувања. Пред изолацијата на нуклеинската киселина, на секој примерок му е доделен единствен идентификациски број. Екстракцијата се врши од секој примерок веднаш по пристигнувањето со користење на рачни и автоматски методи на екстракција. Така, за автоматска екстракција на Abbott m2000, 1,3 ml (вклучувајќи 0,8 ml мртов волумен и 0,5 ml волумен на влез за екстракција) од примерокот беше екстрахиран од секој примерок и поминат низ системот за подготовка на примероци од ДНК на Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, САД). Серија од 96 [92 примероци, две контроли за детекција и две контроли без шаблон (NTC)] беше вклучена во целокупниот процес (преземање и детекција) на два круга на SARS-CoV-2 (EUA) во реално време. рударство. Слично, за рачна екстракција, користете ги истите примероци (за автоматска екстракција и откривање). Така, во текот на целиот процес, примероци од 140 µl беа аликвотирани и екстрахирани со помош на QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Германија) во серии од 24 (вклучувајќи 20 примероци, две контролни анализи и два NTC) во текот на девет рунди. Рачно екстрахираните елуати беа амплифицирани и детектирани со помош на термички циклер ABI 7500 со помош на SARS-CoV-2 BGI анализа, Daan Gene анализа и Sansure Biotech анализа.
Автоматизираната изолација и прочистување на вирусната РНК на SARS-CoV-2 го следи принципот на магнетни зрна со употреба на реагенси за подготовка на примероци од ДНК на Abbott. Инактивацијата на примероците и растворањето на вирусните честички се врши со употреба на детергент што содржи гванидин изотиоцијанат за денатурирање на протеинот и инактивирање на RNase. Потоа РНК се одвојува од протеинот со одвојување на цврста фаза со употреба на силициум диоксид, т.е. гванидиниумовата сол и алкалната pH вредност на лизата го поттикнуваат врзувањето на нуклеинските киселини за силициумот (SiO2). Чекорот на плакнење ги отстранува преостанатите протеини и остатоци за да се произведе бистар раствор. Транспарентната РНК се изолира од микрочестички базирани на силициум диоксид со употреба на магнетното поле на инструментот20,21. Од друга страна, рачната изолација и прочистувањето на РНК се врши со методот на спин колона со употреба на центрифугирање наместо магнетен држач и одвојување на микрочестички од елуентот.
Тестот за детекција на SARS-CoV-2 во реално време од Abbott (Abbott Molecular, Inc.) беше извршен според упатствата на производителот, кои добија EUA19,22 од СЗО и FDA. Во овој протокол, инактивацијата на примерокот пред екстракција беше извршена во водена бања на 56 °C во тек на 30 минути. По инактивацијата на вирусот, екстракцијата на нуклеинска киселина беше извршена на инструмент Abbott m2000 SP од 0,5 ml VTM користејќи систем за подготовка на примероци од ДНК од Abbott m2000. Според производителот. Амплификацијата и детекцијата беа извршени со помош на инструмент Abbott m2000 RT-PCR, а двојно откривање беше извршено за гените RdRp и N. ROX) и VIC P (сопствена боја) за таргетирање и детекција на внатрешни контроли, овозможувајќи истовремено откривање на двата производи за амплификација 19.
Методот за детекција на амплификација на овој комплет се базира на едночекорна RT-PCR технологија. Гените ORF1a/b и N беа избрани како конзервирани региони од Daan Gene Technology за да се открие амплификација на целниот регион. Специфични прајмери ​​и флуоресцентни сонди (N генски сонди обележани со FAM, ORF1a/b сонди обележани со VIC) се дизајнирани за откривање на RNA на SARS-CoV-2 во примероци. Конечниот елуент и мастер смесите беа подготвени со додавање на 5 µl елуент во 20 µl од мастер смесата до конечен волумен од 25 µl. Амплификацијата и детекцијата беа извршени истовремено на ABI 750024 PCR инструмент во реално време.
Гените ORF1a/b и N беа детектирани со помош на комплетот за дијагностика на нуклеинска киселина Sansure Biotech nCoV-2019 (флуоресцентна PCR детекција). Подгответе специфични сонди за секој целен ген со избирање на FAM каналот за регионот ORF1a/b и ROX каналот за генот N. Во овој комплет за анализа, реагенсите за елуент и мастер микс се додаваат на следниов начин: подгответе 30 µl реагенс за мастер микс и 20 µl елуиран примерок за детекција/амплификација. PCR во реално време ABI 750025 беше користен за амплификација/детекција.
Тестот SARS-CoV-2 BGI е флуоресцентен комплет rRT-PCR во реално време за дијагноза на COVID-19. Целната област се наоѓа во регионот ORF1a/b на геномот на SARS-CoV-2, што е метод за детекција на еден ген. Покрај тоа, човечкиот ген за одржување на домаќинството β-актин е внатрешно регулиран целен ген. Мастер миксот се подготвува со мешање на 20 µl од реагенсот на мастер миксот и 10 µl од екстрахираниот примерок на РНК во бунар26. За амплификација и детекција беше користен флуоресцентен квантитативен PCR инструмент во реално време ABI 7500. Сите услови за амплификација на нуклеинска киселина, условите за PCR извршување за секој тест и толкувањето на резултатите беа извршени според соодветните упатства на производителот (Табела 3).
Во оваа компаративна анализа, не го користевме методот на референтен стандард за да утврдиме процентна согласност (позитивна, негативна и вкупна) и други параметри за споредба за четирите анализи. Секоја споредба на тестовите беше направена со CRS, во оваа студија CRS беше поставен според правилото „било кој позитивен“ и резултатот беше одреден, а не со еден тест, користевме најмалку два споредени резултати од тестот. Покрај тоа, во случај на пренос на COVID-19, лажно негативните резултати се поопасни од лажно позитивните резултати. Затоа, за да се каже „позитивен“ што е можно попрецизно од резултатот од CRS, најмалку два теста мора да бидат позитивни, што значи дека веројатно е дека барем еден позитивен резултат ќе дојде од EUA тест. Така, од четири резултати од тестот, два или повеќе резултати од тестот што даваат ист резултат се сметаат за вистински позитивни или негативни18,27.
Податоците беа собрани со помош на структурирани формулари за екстракција на податоци, внесувањето и анализата на податоците беа извршени со помош на статистичкиот софтвер Excel и SPSS верзија 23.0 за дескриптивна статистика. Анализирани беа позитивни, негативни и целокупни проценти на согласност, а Капа резултатот беше користен за да се утврди степенот на согласност на секој метод со CRS. Капа вредностите се толкуваат на следниов начин: 0,01 до 0,20 за благо согласување, 0,21 до 0,40 за општо согласување, 0,41-0,60 за умерено согласување, 0,61-0,80 за големо согласување и 0,81-0,99 за целосно согласување28.
Етичко одобрение е добиено од Универзитетот во Адис Абеба, а сите експериментални протоколи за оваа студија се одобрени од Одборот за научна етика при Институтот за јавно здравје на Етиопија. Референтниот број за етичката лиценца на EPHI е EPHI/IRB-279-2020. Сите методи се применети во согласност со препораките и одредбите од Националните сеопфатни упатства на Етиопија за третман на COVID-19. Покрај тоа, од сите учесници во студијата е добиена писмена информирана согласност пред учеството во студијата.
Сите податоци добиени или анализирани во оваа студија се вклучени во оваа објавена статија. Податоците што ги поддржуваат резултатите од оваа студија се достапни од соодветниот автор по разумно барање.
Светска здравствена организација. Препораки за стратегии за лабораториско тестирање за COVID-19: Привремено упатство, 21 март 2020 година бр. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (СЗО, 2020).
Мулиу, ДС, Пантазопулос, И. и Гургулијанис, КИ Паметна дијагноза на COVID-19 во Одделот за итни случаи: Сеопфатна пракса. Мулиу, ДС, Пантазопулос, И. и Гургулијанис, КИ Паметна дијагноза на COVID-19 во Одделот за итни случаи: Сеопфатна пракса.Мулиу, ДС, Пантазопулос, И. и Гургулијанис, КИ Интелигентна дијагноза на COVID-19 во одделот за итни случаи: сè во пракса.Мулиу ДС, Пантазопулос И. и Гургуљанис КИ Интелигентна дијагноза на COVID-19 во одделенијата за итни случаи: интеграција од почеток до крај во пракса. Експерт преподобниот Респирер. медицина. 3, 263–272 (2022).
Мичел, СЛ и Сент Џорџ, К. Евалуација на тестот COVID19 ID NOW EUA. Мичел, СЛ и Сент Џорџ, К. Евалуација на тестот COVID19 ID NOW EUA.Мичел, СЛ и Сент Џорџ, К. Евалуација на тестот COVID19 ID NOW EUA.Мичел СЛ и Сент Џорџ К. Евалуација на тестот COVID19 ID NOW EUA. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
СЗО. Лабораториско откривање на коронавирусна болест 2019 (COVID-19) кај сомнителни човечки заболувања. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (пристапено на 15 август 2020 година) (СЗО, 2020).
Удугама, Б. и др. Дијагноза на COVID-19: Болести и алатки за тестирање. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Саид С. и др. Основање на Колеџот на патолози од Источна, Централна и Јужна Африка – Регионално училиште за патологија на Блискиот Исток и Јужна Африка. Африка. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Етиопски институт за јавно здравје, Федерално министерство за здравство. Привремена национална стратегија и упатства за лабораториска дијагноза на COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (пристапено на 12 август 2020 година) (EPHI, 2020).
Волошин, С., Пател, Н. и Кеселхајм, АС Лажно негативни тестови за предизвици и импликации од инфекција со SARS-CoV-2. Волошин, С., Пател, Н. и Кеселхајм, АС Лажно негативни тестови за предизвици и импликации од инфекција со SARS-CoV-2.Волошин С., Пател Н. и Кеселхајм АС Лажно негативни тестови за инфекции со SARS-CoV-2 и нивните последици.Волошин С., Пател Н. и Кеселхајм АС Лажно негативни тестови за провокација и влијанието на инфекцијата со SARS-CoV-2. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Мулиу, ДС и Гургулијанис, КИ Лажно позитивни и лажно негативни случаи на COVID-19: Стратегии за респираторна превенција и управување, вакцинација и понатамошни перспективи. Мулиу, ДС и Гургулијанис, КИ Лажно позитивни и лажно негативни случаи на COVID-19: Стратегии за респираторна превенција и управување, вакцинација и понатамошни перспективи. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случај COVID-19: заштитаная профилактика и стратегии лечения, болестиция и дальнейшие перспективы. Мулиу, ДС и Гургулијанис, КИ Лажно позитивни и лажно негативни случаи на COVID-19: стратегии за респираторна превенција и третман, вакцинација и начините за напредување.Мулиу, ДС и Гургулијанис, КИ Лажно позитивни и лажно негативни случаи на COVID-19: стратегии за респираторна превенција и третман, вакцинација и начините за напредување. Експерт преподобниот Respire. medicine. 15(8), 993–1002 (2021).
Мулиу, ДС, Јоанис, П. и Константинос, Г. Дијагноза на COVID-19 во одделот за итни случаи: Гледање на дрвото, но губење на шумата. Мулиу, ДС, Јоанис, П. и Константинос, Г. Дијагноза на COVID-19 во одделот за итни случаи: Гледање на дрвото, но губење на шумата.Мулиу, ДС, Јоанис, П. и Константинос, Г. Дијагноза на COVID-19 во Одделот за итни случаи: Види го дрвото, изгуби ја шумата.Мулиу ДС, Јоанис П. и Константинос Г. Дијагноза на COVID-19 во одделенијата за итни случаи: Нема доволно шума за дрвјата. Појавување. медицина. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Дегли-Анџели, Е. и др. Валидација и валидација на аналитичките и клиничките перформанси на анализата Abbott RealTime SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Молаеи, ХР, Афшар, АА, Калантар-Нејестанаки, Д., Фазлалипур, М. и Афлатунијан, Б. Споредба на пет сета прајмери ​​од различен геномски регион на COVID-19 за откривање на вирусна инфекција со конвенционален RT-PCR. Молаеи, ХР, Афшар, АА, Калантар-Нејестанаки, Д., Фазлалипур, М. и Афлатунијан, Б. Споредба на пет сета прајмери ​​од различни геномски региони на COVID-19 за откривање на вирусна инфекција со конвенционален RT-PCR.Молаеи, ХР, Афшар, АА, Калантар-Нејестанаки, Д., Фазлалипур, М. и Афлатуњан, Б. Споредба на пет сета прајмери ​​од различни региони на геномот на COVID-19 за откривање на вирусна инфекција со конвенционален RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Молаеи, ХР, Афшар, АА, Калантар-Нејестанаки, Д., Фазлалипур, М. и Афлатунијан, Б. Споредба на 5 различни генетски региони на COVID-19 за откривање на вирусна инфекција со конвенционален RT-PCR.Молаеи ХР, Афшар АА, Калантар-Нејестанаки Д, Фазлалипур М. и Афлатунјан Б. Споредба на пет сета прајмери ​​од различни региони на геномот на COVID-19 за откривање на вирусна инфекција со конвенционален RT-PCR.Иран. J. Microbiology. 12(3), 185 (2020).
Герцер, И. и др. Прелиминарни резултати од националната програма за надворешна проценка на квалитетот за откривање на секвенци на геномот на SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Ванг, М. и др. Аналитичка евалуација на ефикасноста на пет RT-PCR комплети за коронавирус на тежок акутен респираторен синдром 2. J. Clinical. laboratory. anus. 35(1), e23643 (2021).
Ванг Б. и др. Евалуација на седум комерцијално достапни комплети за детекција на РНК на SARS-CoV-2 во Кина врз основа на полимеразна верижна реакција (PCR) во реално време. клинички. хемиски. лабораториски. медицина. 58(9), e149–e153 (2020).
ван Кастерен, ПБ и др. Споредба на седум комерцијални RT-PCR дијагностички комплети за COVID-19. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Лу, Ју и др. Споредба на дијагностичките перформанси на два PCR комплети за откривање на нуклеински киселини на SARS-CoV-2. J. Clinical. laboratory. anus. 34(10), e23554 (2020).
Лефарт, П.Р., итн. Компаративна студија на четири платформи за тестирање на амплификација на нуклеинска киселина (NAAT) на SARS-CoV-2 покажа дека перформансите на ID NOW се значително влошени во зависност од пациентот и типот на примерок. дијагноза. микробиологија. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
Молекула на Abbott. Упатство за анализа на SARS-CoV-2 во реално време од Abbott. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Од 10 август 2020 година) (2020).
Клајн, С. и др. Изолација на РНК на SARS-CoV-2 со употреба на магнетни зрна за брзо откривање на големи размери со RT-qPCR и RT-LAMP. Вирус 12(8), 863 (2020).