Изведба на четири тестови за засилување на нуклеинска киселина за да се идентификува SARS-CoV-2 во Етиопија

Ви благодариме што ја посетивте Nature.com. Користите верзија на прелистувач со ограничена поддршка за CSS. За најдобро искуство, препорачуваме да користите ажуриран прелистувач (или да го оневозможите режимот на компатибилност во Internet Explorer). Покрај тоа, за да обезбедиме постојана поддршка, ја прикажуваме страницата без стилови и JavaScript.
Прикажува рингишпил од три слајдови одеднаш. Користете ги копчињата Previous и Next за да се движите низ три слајдови истовремено или користете ги копчињата за лизгање на крајот за да се движите низ три слајдови истовремено.
Од избувнувањето на коронавирусна болест (СОВИД-19) во 2019 година, многу комерцијални тестови за засилување на нуклеинската киселина (NAATs) се развиени низ целиот свет и станаа стандардни анализи. Иако неколку тестови беа брзо развиени и применети на лабораториски дијагностички тестови, перформансите на овие тестови не беа оценети во различни поставувања. Затоа, оваа студија имаше за цел да ги оцени перформансите на анализите на Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI и Sansure Biotech со користење на Композитниот референтен стандард (CRS). Студијата беше спроведена во Етиопскиот институт за јавно здравје (EPHI) од 1 до 30 декември 2020 година. Беа екстрахирани 164 назофарингеални примероци со помош на мини комплетот QIAamp RNA и системот за подготовка на примероци ДНК на Абот. Од 164 примероци, 59,1% биле позитивни и 40,9% негативни за CRS. Позитивноста на Sansure Biotech беше значително ниска во споредба со CRS (p <0,05). Позитивноста на Sansure Biotech беше значително ниска во споредба со CRS (p <0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению со CRS (p < 0,05). Позитивните резултати на Sansure Biotech беа значително пониски во споредба со CRS (p <0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p <0,05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p <0,05）. Во Sansure Biotech было значително помалку положильных результатов по сравнению со CRS (p < 0,05). Sansure Biotech имаше значително помалку позитивни резултати во споредба со CRS (p <0,05).Целокупната согласност на четирите анализи беше 96,3-100% во споредба со CRS. Покрај ниската стапка на позитивност на анализата Sansure Biotech, перформансите на четирите анализи беа речиси споредливи. Како таква, анализата на Sansure Biotech [Само истражување (RUO)] бара дополнителна валидација за неговата употреба во Етиопија. Конечно, треба да се разгледаат дополнителни истражувања за да се проценат анализите со соодветните тврдења на производителот.
Лабораториското тестирање е дел од Стратешкиот план на Светската здравствена организација (СЗО) за Подготвеност и одговор (SPRP) за коронавирусна болест 2019 година (COVID-19). СЗО советува дека земјите треба да изградат лабораториски капацитет за да ја подобрат подготвеноста, правилното управување со случаите, внимателноста и брзиот одговор на предизвиците на јавното здравје. Ова сугерира дека улогата на лабораторијата е клучна за карактеризирање на болеста и епидемиологијата на новите инфективни агенси и за контрола на нивното ширење.
Дијагнозата на СОВИД-19 бара епидемиолошки и медицински информации, лични симптоми/знаци и радиографски и лабораториски податоци2. Откако беше пријавена појавата на СОВИД-19 во Вухан, Кина, многу комерцијални тестови за засилување на нуклеинската киселина (NAATs) се развиени низ целиот свет. Во реално време, реверзна транскрипциона полимеразна верижна реакција (rRT-PCR) се користи како рутинска и стандардна метода за лабораториска дијагноза на тешка инфекција со акутен респираторен синдром 2 (SARS-CoV-2)3. Молекуларното откривање на САРС-КоВ-2 обично се заснова на гените N (ген на протеин на нуклеокапсид), E (ген на протеин на обвивката) и RdRp (ген зависен од РНК полимераза од РНК) во ORF1a/b (отворена рамка за читање 1a/b). ген) регион идентификуван од вирусниот геном. Тие се сметаат за главните зачувани региони пронајдени во вирусните геноми за препознавање на вирусот4. Меѓу овие гени, гените RdRp и E имаат висока аналитичка чувствителност за детекција, додека генот N има ниска аналитичка чувствителност5.
Изведбата на PCR анализите може да варира во зависност од различни фактори како што се: реагенси за екстракција, реагенси за засилување/откривање, метод на екстракција, квалитет на PCR машината и други инструменти. Од април 2020 година, повеќе од 48 различни дијагностички уреди од девет земји добија одобрение за употреба за итни случаи (EUA) за дијагностика COVID-196. Во Етиопија, повеќе од 14 PCR платформи во реално време се користат за PCR откривање на САРС-КоВ-2 во 26 јавни здравствени установи, вклучувајќи ги и ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 и Quant-studio7. Дополнително, достапни се различни комплети за тестирање PCR, како што се тестот Daan Gene, Abbott SARS-CoV-2 тест, Sansure Biotech тест и SARS-CoV-2 BGI тест. Иако rRT-PCR е многу чувствителен, некои пациенти со COVID-19 пријавуваат лажно негативни резултати поради недоволни копии на вирусна рибонуклеинска киселина (РНК) во примероците поради несоодветно собирање, транспорт, складирање и ракување и лабораториско тестирање. услови и дејствија на персоналот8. Дополнително, лошото ракување со примерокот или контролата, поставувањето на прагот на циклусот (Ct) и вкрстената реактивност со други патогени нуклеински киселини или неактивна/преостаната САРС-КоВ-2 РНК може да доведат до лажно позитивни резултати во тестовите на rRT-PCR9. Така, јасно е дека ПЦР тестовите навистина можат да идентификуваат носители на генски фрагменти, бидејќи не можат ниту да разликуваат вистински активни вирусни гени, така што тестовите можат да идентификуваат само носители, а не и пациенти10. Затоа, важно е да се проценат дијагностичките перформанси користејќи стандардни методи во нашите услови. Иако многу NAAT реагенси се достапни во Етиопскиот институт за јавно здравје (EPHI) и низ целата земја, сè уште не е пријавена компаративна евалуација на нивната ефикасност. Затоа, оваа студија имаше за цел да ги оцени компаративните перформанси на комерцијално достапните комплети за откривање на SARS-CoV-2 со rRT-PCR користејќи клинички примероци.
Вкупно 164 учесници со сомневање за КОВИД-19 беа вклучени во оваа студија. Поголемиот дел од примероците беа од центри за третман (118/164 = 72%), додека останатите 46 (28%) учесници беа од центри кои не се лекуваат. Меѓу учесниците кои не биле лекувани во центарот, 15 (9,1%) имале клинички сомнителни случаи и 31 (18,9%) имале контакти со потврдени случаи. Деведесет и три (56,7%) учесници беа мажи, а просечната (± SD) возраст на учесниците беше 31,10 (± 11,82) години.
Во оваа студија беа утврдени позитивни и негативни стапки на четири тестови за COVID-19. Така, позитивните стапки на анализата на Abbott SARS-CoV-2, анализата Daan Gene 2019-nCoV, анализата SARS-CoV-2 BGI и Sansure Biotech 2019-nCoV беа 59,1%, 58,5%, 57,9% и 55, соодветно. Позитивните и негативните резултати на композитниот референтен стандард (CRS) беа 97 (59,1%) и 67 (40,9%), соодветно (Табела 1). Во оваа студија, дефиницијата за CRS се засноваше на правилото „било позитивно“, при што од четири резултати од тестот, два или повеќе резултати од тестот што го дадоа истиот резултат се сметаа за вистински позитивни или негативни.
Во оваа студија, најдовме негативен процентуален договор (NPA) од 100% (95% CI 94,6-100) за сите анализи во споредба со CRS. Анализата на Sansure Biotechnology покажа минимална PPA од 93,8% (95% CI 87,2-97,1), а анализата на Daan Gene 2019-nCoV имаше севкупен договор од 99,4% (95% CI 96,6-99,9). Спротивно на тоа, вкупниот договор помеѓу анализата SARS-CoV-2 BGI и анализата Sansure Biotech 2019-nCoV беше 98,8% и 96,3%, соодветно (Табела 2).
Капа коефициентот на договор на Коен помеѓу CRS и резултатите од анализата на Abbott SARS-CoV-2 беше целосно конзистентен (К = 1,00). Слично на тоа, вредностите на капа на Коен откриени од Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI и Sansure Biotech 2019-nCoV се исто така целосно конзистентни со CRS (K ≥ 0,925). Во оваа компаративна анализа, хи-квадрат тестот (тест МекНемар) покажа дека резултатите од анализата Sansure Biotech 2019-nCoV беа значително различни од резултатите од CRS (p = 0,031) (Табела 2).
Како што е прикажано на сл.1 процентот на најниска Ct вредност (< 20 Ct) на анализата на Abbott SARS-CoV-2 (комбиниран ген RdRp и N) беше 87,6%, а Ct вредноста на генот ORF1a/b на анализата Sansure Biotech 2019-nCoV покажа дека процентот на ниска Ct вредност 50 Ct е висока (<) (36-40 Ct) беше 3,2%. 1 процентот на најниска Ct вредност (< 20 Ct) на анализата на Abbott SARS-CoV-2 (комбиниран ген RdRp и N) беше 87,6%, а Ct вредноста на генот ORF1a/b на анализата Sansure Biotech 2019-nCoV покажа дека процентот на ниска Ct вредност 50 Ct е висока (<) (36-40 Ct) беше 3,2%.Како што е прикажано на сл.1, процент наименьшего значење Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) сочинува 87,6%, а значење Ct е ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV (2019-nCoV) Ct) составил 50,3%, а высокое значение Ct (36–40 Ct) сочинува 3,2%. 1. (36-40 Ct) учествуваа со 3,2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 6%otecht. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值Ct (3)的百分比为3,2%. Како што е прикажано на слика 1, најнискиот процент на Ct вредност (< 20 Ct) на Abbott SARS-CoV-2 тестот (комбинација на RdRp и N ген) е 87,6%, вредноста на Ct генот ORF1a/b на тестот Sansure Biotech 2019-nCoV покажува низок Ct值% 5.3% (<)高Ct 值(36–40 Ct) 的 процентот е 3,2%. Како показано на рисунке 1, анализира Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гени RdRp и N) имел само пониско процентно значење Ct (< 20 Ct) во размер 87,6%, а значење Ct гена ORF1a/b Анани ана10 исле nCoV показал низкий Ct. Како што е прикажано на слика 1, анализата на Abbott SARS-CoV-2 (комбинирање на гените RdRp и N) имаше најниска процентуална вредност на Ct (< 20 Ct) од 87,6%, додека вредноста на Ct на генот ORF1a/b во студијата Sansure Biotech 2019 година – Анализата на nCot. Процентот значений (< 20 Ct) сочинувал 50,3%, а процентот высоких значений Ct (36–40 Ct) сочинувал 3,2%. Процентот на вредности (< 20 Ct) беше 50,3%, а процентот на високи вредности на Ct (36-40 Ct) беше 3,2%.Тестот Abbott SARS-CoV-2 B забележа вредности на Ct над 30. Од друга страна, на анализата BGI SARS-CoV-2 генот ORF1a/b имаше висока вредност на Ct (> 36 Ct) процентот беше 4% (сл. 1). Од друга страна, на анализата BGI SARS-CoV-2 генот ORF1a/b имаше висока вредност на Ct (> 36 Ct) процентот беше 4% (сл. 1). Во другото стороны, во анализата на BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значење Ct (> 36 Ct), процент которого составен 4% (рис. 1). Од друга страна, во анализата на генот BGI SARS-CoV-2, ORF1a/b имаше висока вредност на Ct (> 36 Ct), чиј процент беше 4% (сл. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比中 Од друга страна, при откривање на BGI SARS-CoV-2, процентот на генот ORF1a/b со висока вредност на Ct (>36 Ct) е 4% (Слика 1). Во другото стороны, во анализата на BGI SARS-CoV-2 процентот на ORF1a/b со высокими значајни Ct (>36 Ct) сочинува 4% (рис. 1). Од друга страна, во анализата на BGI SARS-CoV-2, процентот на гени ORF1a/b со високи вредности на Ct (>36 Ct) беше 4% (сл. 1).
Во оваа студија, земавме 164 примероци од назофаринксот. За сите видови анализи, изолацијата и засилувањето на РНК беше извршено со користење на методите и комплетите препорачани од соодветните производители.
Оваа студија покажа дека тестот на Абот за SARS-CoV-2 ги има истите перформанси за откривање како и CRS, со 100% позитивна, негативна и севкупна усогласеност. Капа договорот на Коен е 1.00, што укажува на целосна согласност со CRS. Слична студија на Универзитетот во Вашингтон во САД покажа дека вкупната чувствителност и специфичност на Абот тестот за САРС-КоВ-2 е 93% и 100%, соодветно, во споредба со лабораториски утврдената анализа (LDA) на ЦДЦ. 11. Системот за откривање на САРС-КоВ-2 на Abbott се заснова на истовремено комбинирано откривање на гените N и RdRp, бидејќи и двата гени се почувствителни, минимизирајќи ги лажните негативи12. Студијата во Виена, Австрија, исто така, покажа дека големите волумени на примероци за екстракција и волумените на елуентот за откривање ги минимизираат ефектите на разредување и ја зголемија ефикасноста на откривање13. Така, совршеното совпаѓање на Абот за анализата SARS-CoV-2 може да се поврзе со систем за детекција на платформа кој истовремено открива комбинаторни гени, екстрахира голем број примероци (0,5 ml) и користи голема количина елуент (40 µl).
Нашите резултати, исто така, покажаа дека перформансите за откривање на генетскиот тест Даан беа речиси исти како оние на CRS. Ова е во согласност со студијата14 спроведена на Универзитетот Анхуи во Хуаинан, Кина, и тврдењето на производителот за 100% позитивен договор. И покрај извештаите за конзистентни резултати, еден примерок беше лажно негативен по повторното тестирање на истиот елуат, но беше позитивен во анализите на Abbott SARS-CoV-2 и Sansure Biotech nCoV-2019. Ова сугерира дека може да има варијабилност во резултатите кај различни типови на анализи. Сепак, во студијата спроведена во Кина15, резултатот од анализата на Даан ген беше значително различен (p <0,05) во споредба со нивната лабораториски дефинирана референтна анализа. Сепак, во студијата спроведена во Кина15, резултатот од анализата на Даан ген беше значително различен (p <0,05) во споредба со нивната лабораториски дефинирана референтна анализа. Тем не мие, во исследовании, проучени во Китае15, резултат на анализа Даан Гене значительно отличался (p < 0,05) од их лабораторно еталонного анализа. Меѓутоа, во една студија во Кина15, резултатот од анализата на Даан Џин беше значително различен (p <0,05) од нивната лабораториска референтна анализа.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако во исследовании, проучен во Китае15, резултат на генетски тест Даан значительно отличались (p < 0,05) по сравнению со его эталонным лабораторным тестом. Меѓутоа, во една студија во Кина15, резултатите од генетскиот тест на Даан беа значително различни (p <0,05) во споредба со референтниот лабораториски тест.Ова несовпаѓање може да се должи на чувствителноста на референтниот тест за откривање на САРС-КоВ-2, а понатамошните студии може да бидат важни за да се утврди причината.
Дополнително, нашата студија ги оцени компаративните перформанси на анализата SARS-CoV-2 BGI со CRS, покажувајќи одлична позитивна процентуална согласност (PPA = 97,9%), негативен процентуален договор (NPA = 100%) и севкупна процентуална согласност по пол (OPA). ). = 98,8%). Вредностите на Капа на Коен покажаа добра согласност (К = 0,975). Студиите во Холандија16 и Кина15 покажаа конзистентни резултати. Тестот SARS-CoV-2 BGI е тест за детекција на еден ген (ORF1a/b) кој користи 10 µl елуат за засилување/откривање. И покрај добрата статистичка согласност со нашите референтни резултати, анализата пропушти два позитивни примероци (1,22%) од вкупниот примерок. Ова може да има огромни клинички импликации за динамиката на пренос и на ниво на пациентот и на заедницата.
Друга компаративна анализа вклучена во оваа студија беше анализата на Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); вкупниот процент на совпаѓање беше 96,3%. Јачината на спогодбата беше одредена и од вредноста на Капа на Коен, која беше 0,925, што укажува на целосна согласност со CRS. Повторно, нашите резултати се идентични со студиите спроведени на Централниот јужен универзитет во Чангша, Кина и на Одделот за клиничка лабораторија на Народната болница во Лиужоу, градот Лиужоу, Кина17. И покрај тоа што беше забележана горенаведената добра статистичка усогласеност, хи-квадрат тестот (тест MacNemar) покажа дека резултатот од анализата на Sansure Biotech има статистички значајна разлика во споредба со CRS (p <0,005). И покрај тоа што беше забележана горенаведената добра статистичка усогласеност, хи-квадрат тестот (тест MacNemar) покажа дека резултатот од анализата на Sansure Biotech има статистички значајна разлика во споредба со CRS (p <0,005). Несмотря на то, што было зафиксировано указное повеќе хорошее статистичко соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Манемара) показал, што резултира со анализа Sansure Biotech имеет статистически помое различи (Критерий Манемара). Иако добрата статистичка согласност погоре беше забележана, хи-квадрат тестот (тест МекНемар) покажа дека резултатот од анализата на Sansure Biotech има статистички значајна разлика во споредба со CRS (p <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure 朞CR相比具有统计学显着差异（p <0,005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 (（结果 与 crs 相比 具有 显着 （（p <0,005…………………………………. Несмотря на отмеченное повеќе хорошее статистичко соответствие, критериум хи-квадрат (критерий Манемара) показал статистички значимую разновидност (p < 0,005) меѓу анализом Sansure Biotech и CRS. И покрај добриот статистички договор забележан погоре, хи-квадрат тестот (тест МекНемар) покажа статистички значајна разлика (p <0,005) помеѓу анализата Sansure Biotech и CRS.Се покажа дека шест примероци (3,66%) се лажно негативни во споредба со CRS (Дополнителна табела 1); ова е многу важно, особено со оглед на динамиката на пренесување на вирусот. Горенаведените податоци исто така ја поддржуваат оваа ниска стапка на откривање15.
Во оваа студија, вредностите на Ct беа одредени за секоја анализа и соодветната платформа, со најниска средна вредност на Ct пријавени во анализата на Abbott SARS-CoV-2. Овој резултат може да биде поврзан со истовремениот комбиниран систем за генетско тестирање на Абот за откривање на САРС-КоВ-2. Затоа, според Слика 1, 87,6% од резултатите на Abbott SARS-CoV-2 имале Ct вредности под 20. Само мал број резултати од примерокот (12,4%) биле во опсегот 20-30. Ct вредностите над 30 не беа евидентирани. Покрај употребата на Абот на форматот за генетско тестирање на панелот SARS-CoV-2, овој резултат може да биде поврзан со долната граница на откривање (32,5 копии на РНК/мл)18, што е три пати пониско од долната граница на компанијата од 100 копии на РНК/мл. ml) 19.
Оваа студија има некои ограничувања: прво, немаме стандардни/референтни методи [како вирусно оптоварување или други лабораториски тестови (LDA)] поради недостаток на ресурси. Второ, сите примероци користени во оваа студија беа назофарингеални брисеви, додека резултатите не беа применливи за други типови примероци, и трето, нашата големина на примерокот беше мала.
Оваа студија ги спореди перформансите на четирите rRT-PCR анализи за САРС-КоВ-2 со користење на назофарингеални примероци. Сите анализи за откривање имаа речиси споредливи перформанси, со исклучок на анализата Sansure Biotech. Освен тоа, ниската стапка на позитивност беше идентификувана во анализата на Sansure Biotech во споредба со CRS (p <0,05). Освен тоа, ниската стапка на позитивност беше идентификувана во анализата на Sansure Biotech во споредба со CRS (p <0,05). Кроме тоа, во тестот Sansure Biotech был выявлен низкий процент положильных результатов по сравнению со CRS (p <0,05). Дополнително, тестот Sansure Biotech покажа низок процент на позитивни резултати во споредба со CRS (p <0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0,05). Кроме того, анализира Sansure Biotech имел повеќе низкий уровень положительных результатов по сравнению со CRS (p <0,05). Дополнително, анализата на Sansure Biotech имаше пониска стапка на позитивност во споредба со CRS (p <0,05).Анализата на Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) на PPA, NPA и севкупниот договор надмина 93,5% со договорна вредност на Коен Капа од 0,925. Конечно, на Sansure Biotech Assay (RUO) му треба дополнителна валидација за употреба во Етиопија и треба да се разгледаат дополнителни истражувања за да се проценат тврдењата од поединечни производители.
Компаративниот дизајн на студијата беше спроведен во четири здравствени установи во Адис Абеба, болницата Ека Котебе, Центарот за третман на црквата Милениум, Меморијалната болница Зевудиту и Специјалистичката болница за туберкулоза Свети Петар. Податоците беа собрани помеѓу 1 и 31 декември 2020 година. Медицинските установи за оваа студија беа намерно избрани врз основа на нивниот голем број случаи и достапноста на главните центри за лекување во градот. Слично на тоа, инструментите, вклучувајќи ги инструментите PCR во реално време ABI 7500 и Abbott m2000, беа избрани според препораките на производителите на реагенси NAAT, а четири комплети за откривање на PCR беа избрани за оваа студија, бидејќи повеќето лаборатории во Етиопија користеа најмалку четири од нив. Генски тест, Abbott SARS-CoV-2 тест, Sansure Biotech тест и SARS-CoV-2 BGI тест изведен во текот на студијата).
Тестирањето за САРС-КоВ-2 беше извршено од 1 до 30 декември 2020 година со употреба на 3 ml вирусен транспортен медиум (VTM) (Miraclean Technology, Шенжен, Кина) од лица под истрага за СОВИД-19, упатени на EPHI. Назофарингеалните примероци беа собрани од обучени собирачи на примероци и испратени до EPHI во тројни пакувања. Пред изолацијата на нуклеинската киселина, на секој примерок му е доделен единствен идентификациски број. Екстракцијата се врши од секој примерок веднаш по пристигнувањето со користење на методи на рачна и автоматска екстракција. Така, за автоматско извлекување на Abbott m2000, 1,3 ml (вклучувајќи 0,8 ml мртов волумен и 0,5 ml влезен волумен на екстракција) од примерокот беше извлечен од секој примерок и помина низ Abbott DNA Sample Preparation System (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, USA). ) Серија од 96 [92 примероци, две контроли за откривање и две контроли без шаблон (NTC)] беше вклучена во целокупниот процес (пронаоѓање и откривање) на два круга на SARS-CoV-2 (EUA) во реално време. рударството. Слично на тоа, за рачно извлекување, користете ги истите примероци (за автоматско извлекување и откривање). Така, во текот на процесот, примероците од 140 µl беа издвоени и извлечени со помош на комплетот QIAamp вирусна RNA мини (QIAGEN GmbH, Хилден, Германија) во серии од 24 (вклучувајќи 20 примероци, две контроли за анализа и два NTC) во текот на девет круга. Рачно извлечените елуати беа засилени и откриени со помош на термички циклер ABI 7500 користејќи SARS-CoV-2 BGI анализа, Daan Gene анализа и Sansure Biotech анализа.
Автоматското изолирање и прочистување на вирусната РНК на САРС-КоВ-2 го следи принципот на магнетно зрно со помош на реагенси за подготовка на ДНК примероци на Абот. Инактивирањето на примероците и растворливоста на вирусните честички се врши со употреба на детергент кој содржи гванидин изотиоцијанат за денатурација на протеинот и деактивирање на RNase. РНК потоа се одвојува од протеинот со раздвојување на цврста фаза со употреба на силика, т.е. солта на гванидиниум и алкалната pH вредност на пуферот за лиза промовираат врзување на нуклеинските киселини со силициум диоксид (SiO2). Чекорот на плакнење ги отстранува преостанатите протеини и остатоци за да се добие чист раствор. Транспарентната РНК е изолирана од микрочестички базирани на силика со помош на магнетното поле на инструментот20,21. Од друга страна, рачното изолирање и прочистување на РНК се врши со методот на спин-колона со користење на центрифугирање наместо магнетно држење и одвојување на микрочестичките од елуентот.
Тестот за откривање SARS-CoV-2 на Abbott во реално време (Abbott Molecular, Inc.) беше изведен според упатствата на производителот, кој доби EUA19,22 од СЗО и ФДА. Во овој протокол, деактивирањето на примерокот пред екстракција беше извршено во водена бања на 56 °C за 30 мин. По инактивација на вирусот, екстракција на нуклеинска киселина беше изведена на инструмент Abbott m2000 SP од 0,5 ml VTM со помош на Abbott m2000 систем за подготовка на ДНК примероци. според производителот. Засилувањето и детекцијата беа извршени со помош на инструмент Abbott m2000 RT-PCR, а беше извршена двојна детекција за RdRp и N гените. ROX) и VIC P (комерцијална боја) за таргетирање и откривање на внатрешни контроли, овозможувајќи истовремено откривање на двата производи за засилување 19 .
Методот за детекција на засилување на овој комплет се заснова на технологијата RT-PCR во еден чекор. Гените ORF1a/b и N беа избрани како конзервирани региони од страна на Daan Gene Technology за да се открие засилување на целниот регион. Специфични прајмери ​​и флуоресцентни сонди (N генски сонди означени со FAM, ORF1a/b сонди означени со VIC) се дизајнирани за откривање на РНК на SARS-CoV-2 во примероците. Конечниот елуент и мастер мешавините беа подготвени со додавање на 5 µl елуент на 20 µl од главната мешавина до конечен волумен од 25 µl. Засилувањето и откривањето беа извршени истовремено на инструмент PCR во реално време ABI 750024.
Гените ORF1a/b и N беа откриени со помош на дијагностички комплет за нуклеинска киселина Sansure Biotech nCoV-2019 (флуоресцентна PCR детекција). Подгответе специфични сонди за секој целен ген со избирање на каналот FAM за регионот ORF1a/b и каналот ROX за генот N. На овој комплет за анализа, елуентот и реагенсите за главната мешавина се додаваат на следниов начин: подгответе 30 µl реагенс за главен микс и 20 µl елуиран примерок за откривање/засилување. За засилување/откривање се користеше PCR во реално време ABI 750025.
SARS-CoV-2 BGI тестот е флуоресцентен комплет rRT-PCR во реално време за дијагноза на COVID-19. Целниот регион се наоѓа во регионот ORF1a/b на геномот SARS-CoV-2, кој е метод за откривање на еден ген. Дополнително, човечкиот ген за домаќинство β-актин е внатрешно регулиран целен ген. Главниот микс се подготвува со мешање на 20 µl од главниот реагенс за микс и 10 µl од екстрахираната РНК примерок во бунарска плоча26. За засилување и детекција се користеше флуоресцентен квантитативен PCR инструмент во реално време ABI 7500. Целото засилување на нуклеинската киселина, условите за извршување на PCR за секоја анализа и интерпретацијата на резултатите беа извршени според упатствата на соодветниот производител (Табела 3).
Во оваа компаративна анализа, не го користевме референтниот стандарден метод за да ја одредиме процентуалната согласност (позитивно, негативно и целокупно) и други споредбени параметри за четирите анализи. Секоја споредба на тестот беше направена со CRS, во оваа студија CRS беше поставена со правилото „секое позитивно“ и резултатот беше одреден, а не со еден тест, користевме најмалку два исти резултати од тестот. Дополнително, во случај на пренесување на СОВИД-19, лажно негативните резултати се поопасни од лажно позитивните резултати. Затоа, за да се каже „позитивно“ што е можно попрецизно од резултатот на CRS, најмалку два теста за анализа мора да бидат позитивни, што значи дека барем еден позитивен резултат најверојатно ќе дојде од анализа на EUA. Така, од четири резултати од тестот, два или повеќе резултати од тестот кои даваат ист резултат се сметаат за вистински позитивни или негативни18,27.
Податоците беа собрани со користење на структурирани формулари за екстракција на податоци, внесувањето и анализата на податоците беа извршени со помош на статистичкиот софтвер Excel и SPSS верзија 23.0 за описна статистика. Позитивната, негативната и севкупната процентуална согласност беа анализирани, а резултатот Капа беше искористен за да се одреди степенот на усогласеност на секој метод со CRS. Вредностите на Капа се толкуваат на следниов начин: 0,01 до 0,20 за благ договор, 0,21 до 0,40 за општ договор, 0,41-0,60 за умерен договор, 0,61-0,80 за голем договор и 0,81-0,99 за целосен договор28.
Етичката дозвола беше добиена од Универзитетот во Адис Абеба и сите експериментални протоколи за оваа студија беа одобрени од Одборот за ревизија на научна етика на Институтот за јавно здравје на Етиопија. Референтниот број за лиценцата за етика на EPHI е EPHI/IRB-279-2020. Сите методи беа применети во согласност со препораките и одредбите на етиопските национални сеопфатни упатства за третман на COVID-19. Дополнително, беше добиена писмена информирана согласност од сите учесници во студијата пред учеството во студијата.
Сите податоци добиени или анализирани во оваа студија се вклучени во оваа објавена статија. Податоците кои ги поддржуваат резултатите од оваа студија се достапни од соодветниот автор на разумно барање.
Светска здравствена организација. Препораки за стратегии за лабораториско тестирање за COVID-19: Привремено упатство, 21 март 2020 година Бр. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (СЗО, 2020 година).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 паметна дијагноза во Одделот за итни случаи: All-in во пракса. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 паметна дијагноза во Одделот за итни случаи: All-in во пракса.Мулиу, ДС, Пантазопулос, И. и Гургулијанис, КИ Интелигентна дијагноза на СОВИД-19 во одделот за итни случаи: сè во пракса.Мулиу ДС, Пантазопулос И. и Гургулијанис КИ Интелигентна дијагноза на СОВИД-19 во одделенијата за итни случаи: интеграција од крај до крај во пракса. Експерт Пречесниот Дише. лек. 3, 263-272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Евалуација на анализата на COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL & St George, K. Евалуација на анализата на COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL и St. George, K. Евалуација на COVID19 ID NOW EUA анализата.Mitchell SL и St. George K. Евалуација на COVID19 ID NOW EUA анализата. J. Клинички. Вирус. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
СЗО. Лабораториско откривање на коронавирусна болест 2019 година (COVID-19) кај сомнителни човечки болести. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (пристапено на 15 август 2020 година) (СЗО, 2020 година).
Udugama, B. et al. Дијагноза COVID-19: Болести и алатки за тестирање. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Сајед С. и сор. Основање на Колеџот за патолози на Источна, Централна и Јужна Африка – Регионална школа за патологија на Блискиот Исток и Јужна Африка. Африка. J. Lab. лек. 9 (1), 1-8 (2020).
Етиопски институт за јавно здравје, Федерално Министерство за здравство. Привремена национална стратегија и насоки за лабораториска дијагностика на КОВИД-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (пристапено на 12 август 2020 година) (EPHI, 2020).
Волошин, С., Пател, Н. и Кеселхајм, АС Лажно негативни тестови за предизвиците и импликациите на инфекцијата со САРС-КоВ-2. Волошин, С., Пател, Н. и Кеселхајм, АС Лажно негативни тестови за предизвиците и импликациите на инфекцијата со САРС-КоВ-2.Волошин С., Пател Н. и Кеселхајм АС Лажно-негативни тестови за инфекции со САРС-КоВ-2 и нивните последици.Волошин С., Пател Н. и Кеселхајм АС Лажно-негативни тестови за провокација и влијанието на инфекцијата САРС-КоВ-2. Н. инж. J. Медицина. 383 (6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Лажно-позитивни и лажно-негативни случаи на СОВИД-19: Стратегии за респираторна превенција и управување, вакцинација и понатамошни перспективи. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Лажно-позитивни и лажно-негативни случаи на СОВИД-19: Стратегии за респираторна превенција и управување, вакцинација и понатамошни перспективи. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случај COVID-19: заштитаная профилактика и стратегии лечения, болестиция и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Лажно позитивни и лажно негативни случаи на СОВИД-19: стратегии за респираторна превенција и третман, вакцинација и патот напред.Мулиу, ДС и Гургулијанис, КИ Лажно-позитивни и лажно-негативни случаи на СОВИД-19: стратегии за респираторна превенција и третман, вакцинација и патот напред. Експерт Пречесниот Дише. лек. 15 (8), 993-1002 (2021).
Мулиу, Д.С., Јоанис, П. и Константинос, Г. Дијагноза COVID-19 во одделот за итни случаи: Го видов дрвото, но ја изгубив шумата. Мулиу, Д.С., Јоанис, П. и Константинос, Г. Дијагноза COVID-19 во одделот за итни случаи: Го видов дрвото, но ја изгубив шумата.Mouliou, DS, Ioannis, P. and Konstantinos, G. COVID-19 Дијагноза во Одделот за итни случаи: Види го дрвото, изгуби ја шумата.Мулиу Д.С., Јоанис П. и Константинос Г. Дијагноза COVID-19 во собите за итни случаи: недоволна шума за дрвјата. Се појави. лек. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Дегли-Ангели, Е. и сор. Валидација и валидација на аналитичките и клиничките перформанси на анализата на Abbott RealTime SARS-CoV-2. J. Клинички. Вирус. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Споредете пет сетови на прајмери ​​од различен геномски регион на COVID-19 за откривање на вирусна инфекција со конвенционален RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Споредба на пет прајмери ​​сетови од различни геномски региони на COVID-19 за откривање на вирусна инфекција со конвенционален RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. and Aflatunyan, B. Споредба на пет групи прајмери ​​од различни региони на геномот COVID-19 за откривање на вирусна инфекција со конвенционален RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Споредба на 5 различни генетски региони на COVID-19 за откривање на вирусна инфекција со конвенционален RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. and Aflatunyan B. Споредба на пет групи прајмери ​​од различни региони на геномот COVID-19 за откривање на вирусна инфекција со конвенционален RT-PCR.Иран. J. Микробиологија. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Прелиминарните резултати од националната програма за надворешна проценка на квалитетот за откривање на секвенци на геномот SARS-CoV-2. J. Клинички. Вирус. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Ванг, М. и сор. Аналитичка евалуација на ефикасноста на пет RT-PCR комплети за тежок акутен респираторен синдром Коронавирус 2. J. Clinical. лабораторија. анусот. 35 (1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Евалуација на седум комерцијално достапни комплети за детекција на РНК SARS-CoV-2 во Кина врз основа на полимеразна верижна реакција (PCR) во реално време. клинички. Хемиски. лабораторија. лек. 58 (9), e149-e153 (2020).
ван Кастерен, ПБ и сор. Споредба на седум комерцијални RT-PCR дијагностички комплети за COVID-19. J. Клинички. Вирус. 128, 104412 (2020).
Лу, Ју и сор. Споредба на дијагностичките перформанси на два PCR комплети за откривање на нуклеинските киселини SARS-CoV-2. J. Клинички. лабораторија. анусот. 34 (10), e23554 (2020).
Лефарт, ПР, итн. Компаративна студија на четири платформи за тестирање за засилување на нуклеинската киселина SARS-CoV-2 (NAAT) покажа дека перформансите на ID NOW биле значително намалени во зависност од типот на пациентот и примерокот. дијагноза. микробиологија. Зарази. diss. 99 (1), 115200 (2021).
Абот молекула. Пакет за анализа на Abbott во реално време SARS-CoV-2. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Од 10 август 2020 година) (2020 година).
Клајн, С. и сор. Изолација на РНК на SARS-CoV-2 со помош на магнетни зрна за брзо откривање во големи размери со RT-qPCR и RT-LAMP. Вирус 12(8), 863 (2020).